바라하는 1993년부터 1996년까지 자신의 고향인 레알 바야돌리드에서 선수생활을 했고, 이후 아틀레티코 마드리드로 둥지를 옮겼다. 아틀레티코 마드리드는 2년간 그에게 1군 자리를 주었으나 팀은 2000년에 세군다리가로 강등을 당했다. 이에 발렌시아는 당시 팀 내 최대 이적료 지출액인 1250만 유로를 사용해 바라하를 데려왔고, 무릎 부상도 말끔하게 완쾌됐다.
발렌시아로 둥지를 옮긴 바라하는 팀이 UEFA 챔피언스리그 결승전에 올라가는 데 큰 공을 세웠고, 결승전에서 마지막 페널티킥 상황에서 침착하게 킥을 성공시켰으나 팀은 바이에른 뮌헨에게 패해 준우승에 만족해야 했다. 다음 시즌인 2001/02시즌에도 그는 팀의 '키 플레이어'로 활약하면서 프리메라리가 우승의 감격을 맛봤다.
바라하는 계속해서 꾸준한 활약을 보였고 2003-04 시즌 팀의 통산 여덟 번째 리그 우승과 함께 UEFA컵 우승을 일궈냈다. 또한 2004년에 펼쳐진 UEFA 슈퍼컵 대 포르투전에서는 골을 기록해 팀의 2-1 승리의 일등 공신이 되었다.
