2011년부터 리그 명칭이 변경됨에 따라 기존의 K3리그라는 명칭 대신 챌린저스리그(Challengers League)라는 명칭을 사용하게 되었으며 혼돈을 막기 위해 띄어쓰기 없이 챌린저스리그로 통일되었다. 2014년부터 K3 챌린저스리그(K3 Challengers League)로 리그 명칭이 변경되었다.[4]
2015년 K리그 챌린지 및 챌린지리그와의 혼란을 없애기 위해 다시 K3리그로 변경되었다. 또한 2015년부터는 선수 규정이 변경되어 외국인 선수를 3명 보유하고 2명을 출전시킬 수 있게 되었다.[5]
2016 시즌부터 서울 FC 마르티스가 빠지고 시흥시를 연고로 하는 시흥시민축구단과 부여군을 연고로 하는 부여 FC, 양평군을 연고로 하는 양평 FC가 참가한다. 2017시즌부터 K3리그의 하부격 리그가 신설된다. 이에 따라 K3리그는 K3리그 어드밴스로 변경되고 신설되는 하부리그인 K3리그 베이직과는 승강제를 실시한다. 2016 시즌 리그를 치른 결과 1위부터 11위는 자동으로 잔류한다. 리그 12위부터 15위는 K3리그 승격 플레이오프에 참가해 우승한 단 1팀만이 추가로 잔류한다. 승격 플레이오프에서 탈락한 3팀 및 리그 최하위를 기록한 5팀은 강등된다. 2017년부터 K3리그에 새롭게 참가하고자 하는 팀은 자동적으로 K3리그 베이직에서 시즌을 시작한다.
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처음 열린 2007년 대회에서는 홈 앤 어웨이 방식으로 18경기를 치렀다. 상위 네 개 팀이 플레이오프에 진출하여 우승을 가렸다. 2009 시즌에는 플레이오프를 치르지 않고 순위를 결정하였다. 2010년에는 총 18개팀을 2개조로 나눠 같은 조끼리는 홈 앤드 어웨이로 2경기씩, 다른 조와는 1경기씩 팀당 총 25경기를 진행하였다. 리그 종료후 각조 상위 2개팀은 리그 챔피언십에 진출하여 최종 우승자를 가렸다.
2014년부터 2015년까지 K3리그에는 18개 팀이 소속되어 있었다. 18개 팀이 9팀 씩 추첨을 통하여 두 개 조로 나뉘어 조별 리그를 치른다. 이후 각 조의 상위 세 팀 씩 플레이오프에 진출하여 우승 팀을 결정한다
현재
2016 K3리그에는 20개 팀이 참가한다. 20개 팀이 단일리그를 1라운드로빈(팀별 19경기)으로 치른다. 이후 상위 5개팀이 K3리그 챔피언십(포스트시즌)에 진출하는데 리그 1위는 챔피언 결정전에 직행하고 차상위 4개 팀은 플레이오프에 진출한다. K3리그 챔피언 결정전에서 당해 시즌 챔피언을 가려낸다.
더불어 2017 시즌부터 K3리그는 하부리그를 신설하여 기존의 K3리그와 승강제를 실시한다. 따라서 2016 시즌의 리그 결과에 따라 1위부터 11위까지는 기존의 K3리그에 해당하는 K3 어드밴스리그에 자동으로 잔류하고, 12위부터 15위까지는 K3리그 승격 플레이오프를 치러 우승한 단 1팀까지 K3
리그 어드밴스에 잔류한다. K3리그 승격 플레이오프에서 탈락한 3팀 및 리그 결과 최하위를 기록한 5팀은 신설되는 하위리그인 K3리그 베이직으로 강등되어 2017 시즌을 치른다. 2017년 이후 K3리그에 가입하는 신생팀은 K3리그 베이직에서부터 리그 참가가 가능하다.
K3리그에서 가장 많은 우승을 달성한 구단은 포천시민축구단으로 총 6차례 정상에 등극했으며, 2017년 우승으로 최초 3연속 우승 구단이 되었다. 경주시민축구단이 3회 우승을 달성했으며 화성FC가 2회, 서울 유나이티드, 양주시민축구단가 각각 1차례씩 우승컵을 차지했다. 역대 각 시즌별 정규리그의 우승 및 준우승 구단과 참가 팀수 및 대회 명칭은 아래와 같다.
