일반 사단법인 일본 야구 기구(일본어: 一般社団法人日本野球機構, 영어: Nippon Professional Baseball Organization, 통칭 NPB)는 일본 프로 야구(NPB)를 총괄하는 기관으로 센트럴 리그와 퍼시픽 리그의 소속된 12개 구단과 기타 일부 리그의 팀을 대표한다. 이 기관은 사단법인으로서 문부과학성의 관할하에 둔다. 일반적으로 일본 국내에서 ‘프로 야구’는 이 일본 야구 기구가 총괄하는 것을 가리킨다.
임원으로 ‘이사’와 ‘감사’가 설치되며, ‘이사회’의 최고책임자인 ‘회장’은 ‘일본 프로페셔널 야구 조직’ 의 ‘커미셔너’를 겸임한다. 일본 야구 연맹 시절이었던 1949년에 쇼리키 마쓰타로가 커미셔너에 취임했던 시기도 한 번 있었으나 공직 추방 중이었던 몸이었기에 곧바로 물러났다.
일본 프로페셔널 야구 조직과의 관계
2007년도까지 마찬가지로 센트럴·퍼시픽 양대 리그를 총괄하는 조직으로 일본 프로페셔널 야구 조직이 존재했는데, 기구와 조직은 ‘NPB = Nippon Professional Baseball’라는 영문 명칭을 공유했을 뿐만 아니라 ‘조직’의 커미셔너가 ‘기구’의 회장을 겸했다. 일단 ‘조직’이 규정(경기 규정 및 선수 계약 규정) 면을, ‘기구’가 흥행면을 각각 분담하기로 되어 있었는데 한참 동안 이 양자의 관계는 애매했다. 2008년도부터 ‘조직’은 사단법인인 ‘기구’의 내부 조직이 됐다. 이와 관련해 그때까지는 커미셔너 사무국 센트럴 리그 사무국, 퍼시픽 리그 사무국 등 이렇게 모두 3개였던 커미셔너 사무국으로 통합·일체화됐다. 이러한 일련의 조직 개편은 2004년에 일어난 프로 야구 재편 문제가 불거졌을 때 책임소재가 애매할 뿐더러 사태를 수습할 능력이 없음도 드러나면서 큰 비판을 받았던 것이 계기가 됐다.
2013년의 시즌 개막 이래 선수들로부터 “공이 자꾸 날아간다”라는 지적이 있었다. 일본 야구 기구는 “공에 변경은 없다”라며 일관된 설명을 되풀이했지만 실제로는 공이 날아가게끔 사양이 변경됐다는 사실이 드러났다. 그 후 통일구가 도입된 뒤에 공의 반발력을 나타내는 ‘반발계수’가 기준치를 밑도는 공이 있었고 그 결과 지금까지 사용됐던 공은 ‘잘 날아가지 않는 공’이었다는 사실이 이후에 밝혀졌다. 통일구는 “모든 구장에서 동일한 볼을 사용한다”, “국제 경기에도 대응한다”라는 이유에서 2011년에 도입했지만 공이 잘 날아가지 않는 바람에 도입 이전 시즌에 비해 홈런 개수도 거의 절반으로 줄어드는 등의 결과가 나타나면서 일명 ‘투고타저’ 현상이 일어났다. 그 때문에 2013년에 공의 사양 변경을 미즈노에 의뢰했다는 것이다. 본래 공의 사양 변경은 공표해야 할 사항이었으나 일본 야구 기구는 이를 공표하지 않았다.