지형적으로는 무사시노 대지 위에 있고 시의 동쪽 도쿄 도 이타바시구와의 경계로 시라코 강이, 시의 북단에는 아라카와 강, 신가시 강이 흐르고 있다. 시의 중앙부를 동서로 지나는 도부 도조 선을 경계로 하고, 그 남부는 대지이며, 북부는 저지이다.
도조 선을 경계로 남쪽은 대규모로 개발되고 있어 나라, 민간의 연구기관, 본사나 단지가 나란히 서있어, 최근에 급속히 상업 집적이 진행되었다. 북측은 소규모로 개발된 주택지와 밭이 혼재해 있고, 구획정리가 실시되고 있는 지역도 있지만, 북쪽 출입구 역전은 아직 개발이 진전되지 않고 있다.
도쿄 외환자동차도가 시내를 횡단하고 국도 254호선이 시내를 종단하며 시내로부터 가까운 거리에 간에쓰 자동차도, 수도고속도로의 입구가 있다. 와코 시역은 도부 도조 선과 지하철 유라쿠초 선, 후쿠토신 선을 이용할 수 있고 또, 거주 지역에 따라서는, 미타 선, 오에도 선, 세이부 이케부쿠로 선도 이용할 수 있으므로 여러 장소에 접근하기 쉽고 교통의 요충지가 되고 있다.
