개통은 분당선이 앞섰으나, 당초부터 서울 지하철 9호선 개통 및 환승을 대비하여 건설되었다. 서울 지하철 9호선의 역은 기존 분당선 역에 증설되는 형태로 건설되어 출입구와 대합실 일부를 공유하며, 독자적인 출입구는 설치되어 있지 않다.
개찰구는 두 역 모두 각각 지하 1층에 위치하며, 지하 4층에는 환승통로와 환승개찰구가 설치되어 있다. 승강장은 수인분당선이 지하 5층에, 서울 지하철 9호선이 지하 3층에 각각 위치한다. 두 노선 모두 2면 2선의 상대식 승강장을 갖추고 있으며, 스크린도어가 설치되어 있다.
2011년 이전 이 역의 가칭은 삼릉역(三陵驛)이었으나 교외선의 삼릉역(三陵驛)과 이름이 같아 역명 중복으로 인해 지정되지 못했다. 2012년 8월 역명 제정 심의를 통해 강남구가 명칭을 신선릉역(新宣陵驛)으로 요구하였다. 그러나 일부 문화재와 도시전문가들의 의견 충돌 문제 및 역명 논란으로 인해 다시 의견을 요청한 결과, 선정릉역(宣靖陵驛)으로 최종 확정되었다.
분당선 선정릉역은 2012년 개통 당시부터 한국과학창의재단이라는 부역명이 붙어 있었으나, 한국과학창의재단이 2022년 5월 16일을 기해 서울특별시 강남구 역삼동 과학기술회관 2관으로 이전하면서 삭제되었다.
사진
1번 출입구
수인·분당선 개찰구
9호선 개찰구
수인분당선 승강장
이용객 변동
분당선의 2012년 자료는 개통일인 2012년 10월 6일부터 12월 31일까지인 87일치만이, 9호선의 2015년 자료는 개통일인 2015년 3월 28일부터 12월 31일까지인 279일치만이 반영된 것이다.
