- 제1관
- 산호류관: '바다의 꽃'이라 불리는 산호를 분류, 체계적으로 전시.
- 물새류/해수류관: 극지방, 늪, 해변, 대양등의 각종 물새류 전시, 해수류 자료 전시.
- 해양생물공예관: 해양생물을 이용해 만든 각종 공예품 전시.
- 두족류/극피류관: 초대형 점보오징어, 성게, 해삼, 불가사리 등 전시.
- 파충류관: 수중 및 육사의 양면 생활을 하는 각종 파충류 전시.
- 한국산패류/화석관: 한국에 서식하는 패류 및 발굴화석 전시.
- 상어류관: 상어 및 가오리 분류 전시.
- 대형어류관: 대형어류 및 고래류 전시
- 가오리관: 가오리 분류 전시.
- 열대생물탐구관: 열대생물 집중 전시
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- 제2관
- 패류관: 세계 각국의 패류 전시.
- 갑각류관: 새우, 개류 등 세계 각국의 신비한 갑각류 전시.
- 시각장애인관: 시각장애인 전용전시관. 화석, 어류, 패류 등 실물교체 전시.
- 관상어류관: 희귀 관상어류 전시.
- 산호류지원관: 산호자원의 서식형태 재현 및 상어류 전시.
- 어류관: 세계 각 해역의 어류를 분류, 체계적으로 전시.
- 한국수계자원관: 한국 수산생물자원을 수계별·특성별로 전시.
- 화석관: 5억 년 전의 고생대 해양생물화석으로부터 중생대·신생대에 이르기까지의 화석류 전시.
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