메트로시티의 막강 라이벌 메트로맨과 메가마인드. 도시의 영웅인 메트로맨과는 달리 슈퍼 악당 메가마인드는 모든 사람들이 두려워하는 대상이다. 그러던 어느 날 꼭 한번 메트로맨을 이기고 싶었던 메가마인드는 회심의 일격을 가하고 얼떨결에 메트로맨을 제거하는데 성공한다. 하지만 숙적이자, 자신을 대적할 유일한 상대였던 메트로맨이 사라진 후 메가마인드는 예상치 못한 무료함에 점점 시들해져 가고, 결국 메가마인드 스스로 자신을 대적할 영웅을 만들게 된다.