| 정부
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대수
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이름
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임기
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비고
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| 김대중 정부
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초대
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정호근(鄭鎬根)
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1999년 5월 24일 ~ 1999년 6월 12일
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제1야전군 사령관&합동참모의장
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| 2대
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손진영(孫進榮)
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1999년 6월 12일 ~ 2001년 8월 21일
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새마을운동중앙회 사무총장
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| 3대
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강동현(姜東炫)
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2001년 8월 21일 ~ 2003년 7월 11일
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| 노무현 정부
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4대
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김희택(金熙宅)
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2003년 7월 11일 ~ 2006년 9월 20일
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| 5대
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오세정(吳世政)
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2006년 9월 20일 ~ 2008년 6월 2일
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서울대학교 총장
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| 이명박 정부
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6대
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김대식(金大植)
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2008년 6월 2일 ~ 2010년 3월 25일
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동서대 교수&국민권익위원회 부위원장
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| 7대
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김병일(金丙一)[5]
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2010년 3월 25일 ~ 2011년 3월 25일
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서울특별시 경쟁력강화추진본부장&2012여수세계박람회조직위원회 사무총장
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| 8대
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이상직(李相直)
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2011년 3월 25일 ~ 2012년 1월 9일
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호서대 교수
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| 9대
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남성욱(南成旭)
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2012년 2월 3일 ~ 2013년 6월 3일
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고려대 교수&남북경제연구소장&한국북방학회장
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| 박근혜 정부
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10대
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박찬봉(朴贊奉)
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2013년 6월 3일 ~ 2016년 1월 20일
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사회복지공동모금회 사무총장&새누리당 외교통일위원회 수석전문위원&한나라당 통일외교통상위원회 수석전문위원
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| 11대
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배정호(裵廷鎬)
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2016년 1월 21일 ~ 2016년 7월 7일
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통일연구원 국제전략연구실 선임연구위원&민주평화통일자문회의 통일교육홍보분과 상임위원
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| 12대
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권태오(權泰午)
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2016년 7월 8일 ~ 2017년 6월 9일
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성우회 정책자문위원&Van Fleet 재단 한국대표&북한민주화위원회 자문위원 &중원대 초빙교수&육군 중장 예편&건군 65주년 국군의 날 제병지휘관&국방부 6.25전쟁사업단장
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| 문재인 정부
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13대
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황인성(黃寅成)
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2017년 6월 10일 ~ 2019년 6월 18일
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외교통상부 평화협력대사&대통령비서실 시민사회수석비서관•시민사회수석비서관 대행•시민사회비서관&의문사진상규명위원회 사무국장&전국민족민주운동연합 집행위원장
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| 14대
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이승환 (李承煥)
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2019년 6월 19일 ~ 2020년 12월 24일
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남북교류협력지원협회 회장&민족화해협력범국민협의회 공동의장&시민평화포럼 공동대표
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| 15대
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배기찬 (裵紀燦)
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2020년 12월 25일 ~ 2021년 12월 9일
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대통령직속 정책기획위원회 평화번영분과 위원&문재인 대통령 EU, 독일특사단&통일코리아협동조합 이사장
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| 16대
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김창수 (金昌洙)
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2021년 12월 10일 ~ 2022년 10월 11일
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청와대 국가안보실 통일정책비서관&남북공동연락사무소 초대 사무처장&통일부 장관정책보좌관& 코리아연구원 원장
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| 윤석열 정부
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17대
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석동현 (石東炫)
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2022년 10월 14일 ~ 2024년 1월 9일
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대한민국 서울동부지방검찰청 검사장
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| 18대
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태영호(太永浩)
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2024년 7월 22일 ~
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제21대 국회의원(서울 강남구 갑)
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