금강수목원은 세종특별자치시금남면 산림박물관실 110에 있는 수목원이다. 충청남도 산림환경연구소에서 관리하고 있다. 산림생물종에 대한 수집, 학술연구 등의 공간으로 전체 면적은 615,000m²이고 약 2600여 종의 식물종, 101만본 이상의 식물자원을 보유하고 있으며 2018년 기준 32개의 소원으로 나누어져 전시중이다. 메타세쿼이아 황톳길, 명상의 숲, 문학의 숲, 동물마을 등 다양한 주제의 볼거리를 갖추었으며 금강자연휴양림을 이용하는 관람객들은 수목원 내 모든 시설을 모두 이용할 수 있다.
전문전시원
철쭉원
화목원
매화원
딸기원
장미원
만목원
약용수원
염료식물원
백제식물원
관목원
야생화원
목련원
단풍나무원
침엽수원
활엽수원
외국수목원
기념식수원
측백나무원
소나무원
양치식물원
무궁화동산
수목원 내에 무궁화만으로 조성된 공간으로 한국의 품종뿐만 아니라 외국의 품종까지 보유하고 있다. 관람객들에게 전시하는 동시에 무궁화의 품종을 개량하여 더욱 질 좋고 미관상 아름다운 무궁화를 만드는 작업 또한 수행한다.
열대온실
자동온도조절, 자동관수시설, 자동난방 등 식물을 연중생육가능토록 하는 시설로 역사식물, 문화식물, 다육식물, 과실식물 등의 주제를 갖추어 관람객들이 식물을 이해하고 흥미를 느낄 수 있도록 조성되어 있다.