攻撃を開始したその日のうちにリトアニアを制圧したナチス・ドイツはこうした状況を利用し、リトアニア人行動主義戦線(リトアニア語: Lietuvių aktyvistų frontas、LAF)にリトアニア臨時政府の樹立を認めた[8]。スロヴァキアがナチスによって解放された後に「独立スロヴァキア」として独立が認められたこともあり、当初ナチスはリトアニアに十分な自治権を与えるものと思われていた[8]が、その後ドイツは支配を強めるようになり、1941年8月から9月頃にはより独立志向の強いリトアニア人団体は解散させられた[8]。
1941年6月24日、ナチスの保安警察や刑事警察の補助機関としてリトアニア保安警察(リトアニア語: Lietuvos saugumo policija)が設立された。リトアニア保安警察は、ユダヤ人やその他ナチス政権にとっての敵対勢力に対して様々な行為を行った[15]。ナチスの司令官は報告書の中で、リトアニア警察隊の「熱意」は自分たちのものより上回ると記している[9]。リトアニア人部隊が関わったものの中で最もよく知られたホロコーストはヴィリニュス(ヴィルナ、ヴィルノ)近郊のポナリ(ポーランド語: Ponary、リトアニア語: Paneriai パネレイ)でリトアニア特別部隊(リトアニア語: Ypatingasis būrys)が起こしたもので、ユダヤ人やポーランド人など合わせて数千人が犠牲となった[11][12][15]。またリトアニア労働警護隊もホロコーストに関わった[1]。ナチスの政策に同調したリトアニア人の多くはファシスト団体「鉄の狼」に所属していた[2]。概して言えば、当時の民族主義的なリトアニア政権は「リトアニア民族にとっての潜在的な敵」であるユダヤ人の一掃に関心を寄せており、したがってナチスのホロコースト政策に反対するどころか実際にはむしろそうした政策を取り入れていったのであった[13] 。
1990年に独立回復宣言をし、翌年にソ連からの独立を回復したリトアニアでは、リトアニア人のホロコースト関与をめぐる議論は起こされにくい状況にあった。ナショナリストらは勇敢にソヴィエトに抵抗してきた「英雄」たちの歴史を強調したが、他方で対ソヴィエト抵抗運動に関わったパルチザンのメンバーの一部はナチスの協力者でもあり、リトアニア・ユダヤ人の殺害にも携わっていたのであった[31]。冷戦後のリトアニア政府はホロコーストの犠牲者を追悼し、反ユダヤ主義と戦い、そしてナチス時代の戦争犯罪を裁く旨の声明を何度も出している[22]。ソヴィエト・ユダヤ全国会議(英語: The National Conference on Soviet Jewry、NCSJ)は「リトアニアはナチ・ジェノサイドに協力したリトアニア人の訴追に関する法整備において、ゆっくりだが重要な進展を遂げている」と評価している[22]。また、旧ソ連諸国の中でリトアニアは、ホロコーストに関連する土地の保存、記録に関する法律を制定した初めての国となった[22]。1995年、アルギルダス・ブラザウスカス大統領はイスラエル議会で演説を行い、リトアニア人がホロコーストに関わったことについてユダヤ人に公式に謝罪した[19]。2001年9月20日、リトアニアのホロコースト60周年を記念するリトアニア議会で、アルフォンサス・エイディンタス次期イスラエル駐在リトアニア大使がリトアニア・ユダヤ人の絶滅に対する責任に言及した[18]。
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