Nel 1990 è tornato al Milan, dove è stato scelto come riserva dei titolari di difesa Baresi, Maldini, Tassotti, Costacurta. In quattro stagioni in maglia rossonera (1990-1991 e 1992-1995, nel mezzo una stagione in prestito al Parma), Nava ha totalizzato 21 presenze e segnato una rete. È stato uno dei protagonisti della finale di Champions League 1993-1994 del 18 maggio 1994, vinta dal Milan 4-0 sul Barcellona, anche se solo per pochi minuti: è entrato all'83' per sostituire Paolo Maldini.[2]
Dopo l'esperienza milanese, Nava ha disputato una stagione in prestito al Padova, una in Svizzera nel Servette (dove si è trasferito a parametro zero[3]) e due alla Sampdoria, prima di chiudere la carriera alla Pro Sesto a fine stagione 2000-2001.
Dopo il ritiro
Nava ha allenato la Pro Sesto, ultima squadra dove ha militato, per un mese a gennaio 2004 e successivamente è diventato allenatore della Masseroni Marchese nell'ambito del Progetto Giovani del Milan.[4] Nel corso della stagione 2011-2012 è stato allenatore in seconda dei Giovanissimi Nazionali rossoneri[5], in quella seguente collaboratore tecnico di Filippo Inzaghi agli Allievi Nazionali.[6]
Nella stagione 2014-2015 ha allenato la formazione dei Berretti del Milan.[7] Il 12 aprile 2016 ha assunto l'incarico di tecnico della Primavera del Milan a seguito della chiamata in prima squadra di Cristian Brocchi[8]; non si è qualificato per la fase finale per la sconfitta del 21 maggio 2016, ai rigori, contro l'Empoli[9]. Il 12 giugno 2016 ha vinto ai rigori contro il Valencia il trofeo Angelo Dossena. Il 26 maggio 2017 è stato annunciato che, a partire dal 1º luglio seguente, sarebbe stato sostituito dall'ex rossonero Gennaro Gattuso.
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