Nato a Bressanone, Sigismund venne avviato alla carriera ecclesiastica, ma poco si sa dei suoi studi prima della sua ordinazione sacerdotale avvenuta nella cattedrale della sua città natale il 29 giugno 1886.
Con la caduta della monarchia austriaca nel 1918, Waitz si dimostrò fin dall'inizio politicamente molto attivo a tal punto da essere considerato in Austria uno dei padri dello stato cristiano autoritario, il cosiddetto austrofascismo. Fu a tal punto convinto nella difesa dell'ideale cattolico contro la diffusione dell'ateismo laico che arrivò a costituire delle milizie cristiane paramilitari con il nome di "Heimwehr" in contrapposizione alla Lega di Difesa della Repubblica Austriaca.
Nel 1921 venne nominato amministratore apostolico di Innsbruck-Feldkirch, carica alla quale rinuncerà nel 1938 al momento dell'Anschluss. Il 10 dicembre 1934 venne nominato arcivescovo di Salisburgo, ma anche in questa carica ebbe non pochi problemi da affrontare. Si dedicò alla vastissima gamma di questioni sociali, di povertà e disoccupazione elevata che vessavano l'Austria. Prese posizione contraria all'ascesa del nazismo e tale rimase anche durante l'imperare di questo movimento in Austria.
Alla sua morte, avvenuta a Salisburgo il 30 ottobre 1941, Waitz fu sepolto nella cripta della cattedrale cittadina.