Il campionato di Serie B d'Eccellenza di pallacanestro maschile 1998-99 è stato organizzato in Italia e rappresenta il terzo campionato italiano.
Le squadre sono suddivise in 2 gironi su base geografica. Dopo la stagione regolare (girone all'italiana con partite di andata e ritorno) le prime 8 classificate di ogni girone partecipano ai playoff ad eliminazione diretta. Le vincenti dei rispettivi playoff sono promosse alla serie superiore. L'ultima classificata di ogni girone retrocede direttamente, mentre quelle classificate dal 10º all'11º posto disputano i playout per determinare l'altra retrocessa.