San Genesio (lat.: Sancti Genesii) fu oggetto nel 1023 di una « concessione » da parte di Burcardo alla chiesa di Vienne[4][5]. Questa data è ritenuta quella della fondazione del priorato[2][5]. Pare che questo accolga i corpi di Burcardo, fratello del conte Umberto dalle Bianche Mani, e di Aymone, figlio del primo[6]. Umberto riposerà nel priorato, vicino alle Scale[6].
Il castrum, detto castello di Saint-Genix, viene citato per la prima volta nel XIII secolo, il 4 gennaio 1244[2]. Si tratta di una donazione dell'insieme dei diritti sul castello e della castellania di Saint-Genix da parte di Margherita di Ginevra e di suo figlio, il conte Amedeo IV di Savoia, ai loro figli e fratello, Tommaso II di Savoia[2]. Nel 1286, i castrum et burgum sono menzionati in un arbitraggio che vedeva opposto il conte Amedeo V di Savoia a suo fratello Luigi[2]. Si tratta di un castello comitale, poiché esso appartiene direttamente agli Umbertini, conti di Savoia[7]. Pare che fosse integrato all'interno della cinta che proteggeva il borgo.[7]
Tra il 1232 e il 1257[8] o 1259-1282, forse 1270. Parametro titolo vuoto o mancante (aiuto) (Ruth Mariotte Löber, 1973)[2], il borgo ottenne delle franchigie. Tra il 1259 e il 1282 (1270 ?), Beatrice Fieschi, vedova del signore del Piemonte, Tommaso II di Savoia, e il loro figlio, Tommaso III di Savoia, concessero questa carta di franchigia al borgo di Saint-Genix-sur-Guiers[2][8]. Un mercato fu istituito tra il 1259 e il 1282[2].
Il 29 giugno 1586[9], vendita e infeudamento di Yenne e Saint-Genix, da parte del duca di Savoia Carlo Emanuele, a Louis de Poupet de Courgenon, conte di La Baulme-Saint-Amour, per 15 000 scudi d'oro, e l'erezione a marchesato di Yenne e di Saint-Genix in riconoscimento dei suoi servizi militari e diplomatici. Suo figlio, Emanuele Filiberto, capitano di cavalleria, morto nel 1622, e suo nipote, Carlo Eugenio d'Arenberg, governatore generale della Franca Contea nel 1668, presero entrambi il titolo di marchese di Yenne e di Saint-Genix. Ma la cessione, fatta al loro padre e avolo nel 1586, non essendo stata registrata dalla Camera dei conti e il prezzo della vendita non versato, la terra di Yenne, come quella di Saint-Genix, rimasero al sovrano.
A seguito del trattato di Lione del 1601, volendo fra le altre la cessione del Bugey alla Francia, Saint-Genix divenne una città di frontiera su due lati (sud e ovest). Il 20 marzo 1603, i Geinevrini, in guerra con il duca Carlo Emanuele, s'impadronirono della città, che non restituirono fino al trattato di San Giuliano, firmato il 21 luglio 1603[10].
^abcdefghi(FR) Ruth Mariotte Löber, Ville et seigneurie : Les chartes de franchises des comtes de Savoie, fin XIIe siècle-1343, Librairie Droz - Académie florimontane, 1973, 978-2-600-04503-2, url=https://books.google.fr/books?id=u_z1roaZ3psC&pg=PA163.
^abHistoire des communes, 1982, p. 362, « Origine du nom de Saint-Genix »..