Avviato alla carriera ecclesiastica, a 12 anni entrò nell'Ordine dei Cavalieri di Malta, in cui divenne priore di Castiglia e León; ma le sue inclinazioni lo portarono a occuparsi sempre prevalentemente di arte militare e di marina. Nel 1603 venne inviato con i fratelli maggiori, Filippo Emanuele e Vittorio Amedeo, a Madrid, per completare la sua educazione, da dove tornò nel 1606, quando Vittorio Amedeo, morto nel frattempo Filippo Emanuele, assunse il titolo di principe ereditario. Nel 1610 tornò a Madrid, entrando al servizio di Filippo III di Spagna, che lo nominò grande ammiraglio di Spagna.
Il padre con lettere patenti datate 17 dicembre 1620 gli concesse in appannaggio il principato di Oneglia (comprendente le valli di Oneglia, del Maro e di Prelà).[1]
Morì a Palermo durante un'epidemia di peste il 4 agosto 1624, all'età di 36 anni e venne sepolto nella Cripta della chiesa inferiore della cappella palatina del Palazzo dei Normanni.
Iconografia
Di lui rimane un ritratto dipinto da Antoon van Dyck a Palermo nel 1624, dove il pittore era stato chiamato dallo stesso viceré nell'aprile di quell'anno: il quadro, conservato a Londra, è stato esposto in occasione della riapertura della Reggia di Venaria.
Gaudenzio Claretta, Il principe Emanuele Filiberto di Savoia alla corte di Spagna : studi storici sul Regno di Carlo Emanuele I, Torino, 1872
Luigi La Rocca, Il principe sabaudo Emanuele Filiberto, grande ammiraglio di Spagna e viceré di Sicilia: con documenti inediti , Torino, 1940
Maria Beatrice Failla , Il principe Emanuele Filiberto di Savoia. Collezioni e committenze fra ducato sabaudo, corte spagnola e viceregno di Sicilia, in Id. – C. Goria., Committenti d'età barocca, Torino, 2003, pp. 13–112.