Nel 1934 la squadra in crisi viene sciolta. L'attività della società riprende nel 1939 e l'anno successivo vince i campionati provinciali.
Vince il campionato di Prima Divisione 1942-1943 e viene promossa in Serie C, campionato poi sospeso a causa della guerra. La stagione successiva, fermi i campionati ufficiali, viene indetto il torneo di guerra 1943-1944 gestito per le qualificazioni venete dal Direttorio III Zona, nel quale la Sambo è ammessa quale squadra di Serie C.
I campionati ufficiali riprendono nel 1945 e la Sambonifacese conclude al 3º posto.
Nel 1947 sfiora la promozione in Serie B, ma perde l'ultima partita decisiva per la promozione contro il Bolzano. L'anno successivo al grande sogno termina il campionato al 14º posto e lascia la Serie C, essendo retrocessa, precipitando nelle categorie regionali.
Solo nel 1995 la squadra conquista un'importante promozione nel campionato d'Eccellenza Veneto nel quale milita con successo fino al 2003, stagione che la Sambonifacese conclude al 1º posto conquistando la Serie D. Qui si dimostra sempre competitiva, occupando costantemente le prime posizioni in classifica, disputando anche i play-off più volte.
Nel 2007-2008 la squadra, che conclude la "regular season" al 3º posto, vince i play-off di girone sconfiggendo in finale il Chioggia Sottomarina (0-1). La Sambo approda così ai play-off nazionali di Serie D fino a raggiungere la finale nazionale, dove sconfigge la Colligiana per 3-0 sul campo neutro di Carpi, ottenendo così (grazie alla prima posizione nella graduatoria dei ripescaggi) la promozione in Lega Pro Seconda Divisione, nella quale militerà dal campionato 2008-2009.
Nella stagione 2009-2010 la squadra partecipa per la seconda stagione consecutiva alla Seconda Divisione di Lega Pro e per la terza volta consecutiva alla Coppa Italia di Lega Pro. In campionato la Sambonifacese si rende protagonista di un ottimo girone d'andata che la posiziona stabilmente nei primi posti della classifica, ma sul finale di stagione, a seguito di un girone di ritorno nel quale colleziona pochissimi punti, si ritrova coinvolta nella lotta per non retrocedere ma riesce a concludere la corsa all'11º posto, salvandosi dalla roulette dei play-out per due punti. In Coppa Italia di Lega Pro supera la fase eliminatoria a gironi ma viene eliminata per 2-1 dall'Hellas Verona nel primo turno della Fase 1 ad eliminazione diretta. Alla fine della stagione 2011-2012 retrocede in Serie D.
Segue una caduta verticale con retrocessioni per ogni anno fino a giungere nel 2017 alla Terza Categoria, ultimo gradino della piramide calcistica italiana. Nella stagione 2023-2024, la squadra milita nel campionato di Prima Categoria.[1]
2005-2006 - 3º nel girone C della Serie D. Perde i play-off. Cambia denominazione in A.S.D. Sambonifacese Calcio.
2006-2007 - 2º nel girone C della Serie D. Perde i play-off.
2007-2008 - 3º nel girone C della Serie D. Vince i play-off nazionali. Ripescata in Lega Pro Seconda Divisione. Cambia denominazione in A.C. Sambonifacese S.r.l..
L'A.C. Sambonifacese collabora all'organizzazione del Trofeo città di San Bonifacio, competizione ad invito che si svolge tra le squadre giovanili di alcuni tra i club più prestigiosi in Europa. La competizione è anche conosciuta come Trofeo Primo Maggio oppure come Trofeo Ferroli per ragioni di sponsorizzazione.[2]
