Nel 1608, con la morte di Carlo III, Enrico e Margherita divennero duchi di Lorena[1].
Nel 1624 rimase vedova. Il Ducato di Lorena, essendo morto Enrico senza figli maschi legittimi, passò a suo fratello minore Francesco.
Nel 1627 morì senza eredi diretti Vincenzo II Gonzaga; per la successione del Ducato di Mantova si videro contrapposti da una parte Carlo Gonzaga duca di Nevers, sostenuto dal re di Francia, dall'altra Ferrante Gonzaga principe di Guastalla, sostenuto dal re di Spagna. Per il Monferrato furono invece in contrasto tra loro Carlo Emanuele I duca di Savoia e Margherita[2]. Sui vari pretendenti la spuntò Carlo I di Gonzaga-Nevers. È una lontana antenata di Maria Antonietta.
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