In seguito si apriranno le linee per Ustica e la linea Trapani-Pantelleria. Nel 2001 fonda "Trieste Lines" per i collegamenti tra l'Italia e l'Istria[2].
La Compagnia si aggiudica il bando dalla Regione siciliana per svolgere i collegamenti per le isole minori.
Dal 2008 detiene il 60% delle partecipazioni in Consorzio Metromare dello Stretto, associazione temporanea di imprese mista che garantisce mediante corse giornaliere il collegamento veloce nello Stretto di Messina, fra i porti di Messina, Villa San Giovanni e Reggio Calabria. Il restante 40% del Consorzio è rappresentato da RFI SpA, società del gruppo Ferrovie dello Stato[3]. Nel 2011 ha acquisito il 50% di BluNavy, compagnia attiva nei servizi di traghettamento verso l'Isola d'Elba, mantenendone nel 2013 il 10%.
Dal 30 giugno 2013 cessa il servizio Metromare dello Stretto, e di conseguenza vengono ridotte le corse effettuate nello stretto di Messina.
La società ha acquisito nel 2014 anche un cantiere navale denominato HSC Shipyard[4], specializzato in navi veloci e aliscafi, con 80 dipendenti, ridenominato Liberty Shipyard.
Il catamarano Ale M ormeggiato allo scalo di Trapani
Il 24 marzo 2016 ha effettuato il varo del Gianni M, l'aliscafo più grande del mondo, costruito nei cantieri di Trapani e realizzato dai "Cantieri HSC Shipyard" del gruppo, in collaborazione con il dipartimento di Ingegneria dell'Università di Palermo, in grado di trasportare fino a 350 passeggeri[5]. Lo stesso giorno l'AD Ettore Morace ha annunciato che acquisirà la compagnia Siremar che gestirà insieme a Caronte & Tourist. Questa si occuperà del collegamenti con i traghetti mentre la Ustica Lines di quelli con gli aliscafi[6].
Il 13 aprile 2016 il presidente Ettore Morace annuncia la nuova denominazione della compagnia: Liberty Lines[7]. Inoltre, con l'acquisizione di Siremar da parte di Società Navigazione Siciliana, i nove aliscafi di quest'ultima transitano a Liberty Lines[8].
Nel 2018 Liberty Lines possiede una flotta di 32 navi veloci.
Nel marzo 2018 la società è stata commissariata dal Tribunale di Palermo, che ha nominato un commissario giudiziale su richiesta della Procura.[10] ma nel marzo 2019 con provvedimento dello stesso Tribunale di Palermo, la misura cautelare di commissariamento giudiziale è stata dichiarata cessata. Nel giugno 2021, il tribunale restituisce i 10 milioni di euro sequestrati agli armatori della compagnia.
Nella primavera del 2022 Liberty Lines ha commissionato al cantiere spagnolo Armon la costruzione di 9 navi veloci ibride (le prime di questo tipo al mondo) che, saranno consegnate ed entreranno in linea tra il 2023 e il 2026.[11]
Nell’estate del 2023 è stato annunciato l’acquisto del catamarano Sunnyday, rinominato Gabriele M.
Nell'ottobre del 2023 la Compagnia ha ripreso i collegamenti sullo Stretto di Messina [12]
Nel dicembre del 2023 è stata varata la nave veloce ibrida Vittorio Morace, la prima nave veloce ibrida al mondo.[13]
Nel febbraio del 2024 è stata varata la nave veloce ibrida Cristina M, mentre a giugno viene varata la nave veloce ibrida Gennaro C.G..
Ad agosto del 2024 Liberty Lines diventa azionista con il 45 % di Aquabus Newco SL società attiva nei collegamenti veloci nelle isole Baleari.
Nel settembre del 2024 è stata varata la nave veloce ibrida Ferdinando Morace, mentre ad ottobre la nave veloce ibrida Alessandro Morace.
Il 28 ottobre 2024 viene annunciato l’acquisto del catamarano Ciudad de Ceuta dalla compagnia spagnola Trasmediterranea, che sarà rinominato Vittorio M e consegnato alla compagnia il mese successivo.
Carmine [ADMIRAL] nata nel 2019 costruita presso i cantieri HSC Shipyard di Trapani per Liberty Lines, nella sua vita ha svolto i collegamenti sulle rotte: TRAPANI-EGADI/MILAZZO-EOLIE/PALERMO-USTICA.
Carmen M [ADMIRAL] nata nel 2017 costruita presso i cantieri HSC Shipyard di Trapani per Liberty Lines, nella sua vita ha svolto i collegamenti sulle rotte: TRAPANI-EGADI/PALERMO-USTICA.
Carlo Morace[ ADMIRAL ] nato nel 2014 costruito presso i cantieri HSC Shipyard di Trapani per Ustica Lines, nella sua vita ha svolto i collegamenti sulle rotte: TRAPANI-EGADI/PALERMO-USTICA/MILAZZO-EOLIE-VIBO VALENTIA/TRAPANI-PANTELLERIA.
Ammari'[ADMIRAL] nata nel 2015 costruita presso i cantieri HSC Shipyard di Trapani per Ustica Lines, nella sua vita ha svolto i collegamenti sulle rotte: TRAPANI-EGADI/MILAZZO-EOLIE-VIBO VALENTIA/OTRANTO-PAXSIOS-CORFU'
