La Coppa di Russia 2003-2004 (in russoКубок России?, Kubok Rossii) è stata la 12ª edizione del principale torneo a eliminazione diretta del calcio russo. Il torneo è iniziato il 22 marzo 2003 ed è terminato il 29 maggio 2004, con la finale giocata allo Stadio Lokomotiv di Mosca. Il Terek Groznyj ha vinto la coppa, la prima della sua storia, battendo in finale il Kryl'ja Sovetov Samara; per la prima volta il trofeo è stato vinto da una squadra militante in seconda serie.
Formula
La Coppa si dipanava su dieci turni, i primi cinque disputati e la finale in gara unica, gli altri con partite di andata e ritorno: in caso di parità al termine dei novanta minuti venivano disputati i tempi supplementari; in caso di ulteriore parità venivano effettuati i tiri di rigore.
I primi quattro turni videro coinvolte esclusivamente squadre di Vtoroj divizion 2003.
Questo è stato il primo turno disputato con gare di andata e ritorno; le partite di andata furono disputate tra il 10 ottobre e l'11 novembre 2003, quelle di ritorno tra il 3 novembre e il 2 febbraio 2004. A questo turno parteciparono le 16 squadre promosse dal turno precedente e le sedici squadre militanti nella Prem'er-Liga 2004.