Fu essenziale nella brutale e sistematica distruzione della comunità ebraica in Lituania. Dal luglio 1941 fino al settembre 1943 fu comandante dell' SD Einsatzkommando 3a, una sotto-unità dell' Einsatzgruppe A guidata da Franz Walter Stahlecker, con sede a Kaunas. Sotto il comando di Jäger l’Einsatzkommando, con l'aiuto di truppe lituane, uccise indiscriminatamente uomini, donne e bambini di origine ebraica. I massacri sono minuziosamente contabilizzati nel rapporto che porta il suo nome.[2]
^ Vincas Bartuseviécius, Joachim Tauber e Wolfram Wette, Jägers Karriere in der SS 1936–1941, su Holocaust in Litauen: Krieg, Judenmorde und Kollaboration im Jahre 1941, Böhlau Verlag Köln Weimar, 2003, pp. 80–82, ISBN3-412-13902-5. URL consultato il 22 luglio 2013.