Nato a Luanda, in Angola, Hélder Costa viene prelevato dalle giovanili del Benfica all'età di dieci anni, nel 2004. L'11 agosto 2012 fa il suo debutto tra i professionisti col Benfica B, giocando 72 minuti nel ruolo di ala una partita contro il Braga B di Segunda Liga[1]. Segna la prima rete della sua carriera professionistica il 23 agosto 2013, nell'incontro vinto 3-0 in casa contro il Portimonense. Sarà uno dei suoi otto gol stagionali, tra cui quello del 23 novembre 2013 nella vittoria per 4-3 contro l'Oliveirense, partita nella quale viene pure espulso[2].