Ha grandi capacità di muoversi tra i pali e grandissimi abilità anche con i piedi. In carriera ha realizzato dei gol su rigore e su punizione; è molto bravo anche nel far ripartire l'azioni con rinvii molto precisi.[3]
Carriera
Calciatore
Club
Nacional
Inizia nel Nacional, con cui vince il campionato uruguaiano nel 1998, nel 2000, nel 2001 e nel 2002. Sempre nel Nacional ha stabilito il record di imbattibilità consecutiva: 963 minuti.[senza fonte]Munúa ha anche stabilito il record di primo portiere a segnare una rete nel campionato uruguaiano, segnando su punizione contro il Central Español.[senza fonte] Ha anche realizzato diversi gol su rigore, sia in campionato che in Coppa Libertadores.
In Spagna
Nel 2003 si è trasferito in Spagna per giocare nella Primera División, con il Deportivo de La Coruña, dove milita per sei stagioni, senza però vincere alcun titolo con la maglia della squadra galiziana.
Il 30 giugno 2009 viene acquistato dal Malaga, firmando un contratto di durata annuale e indossando la maglia di titolare della squadra andalusa lungo tutta la stagione, venendo schierato 38 volte in campionato.
Rimasto svincolato dal Levante,[4] il 18 giugno 2013 viene tesserato dalla società italiana della Fiorentina, firmando un contratto fino al 30 giugno 2015.[5] Esordisce in maglia viola il 7 novembre nella gara di Europa LeaguePandurii-Fiorentina (1-2).[6] Il 21 gennaio 2014 risolve consensualmente il contratto che lo legava alla squadra viola.[7]
Ritorno al Nacional
Dopo aver rescisso il contratto con la Fiorentina torna a giocare nel Nacional club dove aveva iniziato la carriera.[8]