Si dedicò in quegli anni a ricerche lessicografiche e linguistiche; in particolare studiò il rapporto tra Croce e la linguistica, polemizzando con lo storicismo e le posizioni estetiche di Croce, in nome di un'idea del linguaggio come "istituzione" in stretto contatto con la cultura e la società.
Ebbe poi la cattedra di Grammatica e Storia della Lingua italiana nelle Università di Bari e Firenze, e nel 1955 divenne accademico della Crusca. Presidente dell'Accademia dal 1972, diede impulso all'edizione del Vocabolario e, nel 1990, fondò un bollettino semestrale divulgativo, di notevole pregio e autorevolezza, La Crusca per voi, che si rivolge anche ai non specialisti presentando studi su problemi linguistici di attualità e offrendo risposte qualificate a quesiti posti da studenti, insegnanti, lettori, interessati all'uso corretto della lingua italiana.
Nel 1974 passò a insegnare alla Scuola Normale Superiore di Pisa approfondendo gli interessi per la lessicografia e la linguistica.
Nello studio dell'italiano, Nencioni si è distinto per la sua moderazione: attento a non far «imbarbarire la lingua dei nostri padri», ha saputo tuttavia mettere in guardia anche dagli eccessi, invitando a «non esagerare con il purismo».[1]
Opere
Idealismo e realismo nella scienza del linguaggio, Firenze, La Nuova Italia, 1946.
Di scritto e di parlato. Discorsi linguistici, Bologna, Zanichelli, 1983.
Tra grammatica e retorica. Da Dante a Pirandello, Torino, Einaudi, 1983.
Francesco De Sanctis e la questione della lingua, Bibliopolis, 1984.
La lingua dei Malavoglia e altri scritti di prosa, poesia e memoria, Napoli, Morano, 1988.
Saggi di lingua antica e moderna, Torino, Rosenberg & Sollier, 1989.