Germán Lux entrò a far parte del settore giovanile del River Plate nel 1998. Quattro anni più tardi fu aggregato alla prima squadra e debuttò con i bianco-rossi nella partita di Copa Libertadores dell'11 aprile 2002 pareggiata per 1-1 sul campo dell'Atlético Talleres.[1]
Il 1º luglio 2007, alla scadenza del contratto con il River Plate, fu ingaggiato dagli spagnoli del Maiorca.[2]
Il 1º luglio 2011, alla scadenza del contratto con il Maiorca, fu ingaggiato dal Deportivo La Coruña.[3]
Il 1º luglio 2017, alla scadenza del contratto con il Deportivo La Coruña, fece ritorno al River Plate dopo dieci anni.[4]
