Cresciuto nel Newell's Old Boys, prima di approdare in Europa ha disputato una stagione con la maglia del River Plate.
Nel 2006 si trasferisce nella Premjer Liga russa, nelle file del Dinamo Mosca. Al termine della stagione 2013/2014, dopo 211 presenze complessive con la squadra russa, rimane senza contratto.
Nazionale
Fernández fu parte della squadra argentina che vinse l'oro olimpico ad Atene 2004.