Panetta fece il suo esordio in azzurro agli Europei juniores del 1981 a Francoforte, dove corse la gara dei 3000 m siepi sotto una pioggia battente.
Nel 1986 agli Europei di Stoccarda vinse la medaglia d'argento sempre nei 3000 m siepi, affermandosi come il miglior interprete italiano sulla distanza.
L'anno della sua consacrazione fu il 1987, quando con il tempo di 8'08"57 vinse la medaglia d'oro dei 3000 m siepi ai Mondiali di Roma siglando anche la miglior prestazione dell'anno sulla distanza e il record italiano (tuttora imbattuto). Sempre a Roma ottenne anche un argento nei 10000 m piani, dove fu sconfitto dal keniotaPaul Kipkoech.
Ai Giochi olimpici di Seul 1988 si presentò fra i favoriti, riuscendo senza problemi a raggiungere la finale. Qui la sua tattica fu di stare davanti e fare la gara sul ritmo, per sfiancare gli avversari. Dopo 2000 metri però, al primo allungo dei rivali, non riuscì a tenere il ritmo e finì nelle retrovie. Il keniota Kariuki prese in mano le redini della gara e vinse battendo il connazionale Koech. Quarto l'altro italiano Lambruschini, nono Panetta.
Nel 1994, agli Europei di Helsinki, Panetta si presentò ormai a fine carriera, quasi comprimario rispetto agli altri azzurri Lambruschini e Carosi che partivano con ambizioni di vittoria. Alla finale arrivarono tutti e tre gli atleti italiani, ma il favorito Lambruschini dopo pochi giri di gara cadde su un ostacolo. Panetta lo aiutò a rialzarsi e lo aiutò a riportarsi nel gruppo dei migliori. Lambruschini vinse la gara e l'oro europeo, Panetta finì fuori dal podio, ma il suo gesto d'altruismo è rimasto nella memoria degli sportivi italiani anche più delle sue medaglie passate.
Nel suo ricco palmarès, oltre ai successi internazionali ha conquistato anche dieci titoli italiani: uno nei 5000 m piani (1988), uno nei 10000 m piani (1986), due nei 3000 m siepi (1985 e 1988) e sei nella corsa campestre (dal 1987 al 1992). Ha inoltre vinto per cinque volte il Campaccio.
Ha lavorato come consulente per Diadora S.p.A e Timex Italia, ed è stato alcune volte il commentatore tecnico per Rai Sport durante i più importanti eventi dell'atletica mondiale.
Record nazionali
Seniores
3000 metri siepi: 8'08"57 (Roma, 5 settembre 1987)
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