Tuttavia, l’effettiva organizzazione della diocesi avvenne solo tra il 1249 e il 1250, quando la mensa vescovile fu congruamente dotata per il proprio sostentamento. Il primo vescovo fu il domenicano Ernst, che scelse Kwidzyn come sede della diocesi. La primitiva cattedrale fu sostituita da un nuovo tempio gotico dedicato alla Beata Vergine Maria e a San Giovanni Apostolo e Evangelista all'epoca del vescovo Bertold von Riesenburg nel 1343.[3]
Il territorio della diocesi, che comprendeva la parte occidentale dello Stato Monastico dei Cavalieri Teutonici, fu ampliato nel corso del XIV secolo con porzioni di territorio già appartenuti alle diocesi di Chełmno e di Breslavia.[4]
Il capitolo della cattedrale fu istituito dal vescovo Albert il 28 febbraio 1284 ed ebbe fino a 11 canonici. Nei secoli XIII e XIV la diocesi comprendeva all'incirca 500 parrocchie, suddivise, nel 1400, in circa 16 decanati.[5]
Con il passaggio dello stato prussiano al luteranesimo, tutte le diocesi del suo territorio aderirono alla nuova religione. L'ultimo vescovo di Pomesania in comunione con la Santa Sede fu Erhard von Queis, che nel 1524 aderì al luteranesimo.[6]
Al momento dell'affermarsi del protestantesimo, la diocesi di Pomesania si trovava divisa fra due stati. La parte luterana della diocesi ebbe ancora tre vescovi, non consacrati;[7] il titolo vescovile fu abolito nel 1587. Una parte della diocesi si trovava nel regno di Polonia e rimase cattolica. Il sinodo di Piotrków del 1577 decise l'affidamento delle parrocchie ancora esistenti in questa parte della diocesi ai vescovi di Chełmno: nel 1597 si contavano 70 parrocchie divise in 5 decanati.[8]
Il 16 aprile 1601, papa Clemente VIII, con la bollaCum ecclesiae Culmensi,[9] affidò definitivamente l'amministrazione della diocesi pomesana ai vescovi di Chełmno. Questo status durò fino al 1763, quando il vescovo Andrzej Ignacy Baier dovette rinunciarvi, in seguito alle proteste del governo prussiano. Nei documenti ufficiali questo territorio è sempre indicato come "diocesi di Pomesania", la cui sede era a Riesenburg (oggi Prabuty).[10] Con la bolla De salute animarum del 16 luglio 1821 fu incorporato nella diocesi di Varmia.[5][11]
