La compagnia aerea è stata fondata nel 1989 come filiale della Canadian Airlines per concentrarsi sulle esigenze di trasporto delle comunità canadesi settentrionali. Nel settembre 1998 Canadian North è stata acquistata da Norterra, una holding interamente di proprietà degli aborigeni del Nord, la cui proprietà fu divisa equamente tra la Inuvialuit Development Corporation, che rappresentava il popolo Inuvialuit dell'Artico canadese occidentale e Nunasi Corporation, in rappresentanza degli Inuit di Nunavut.
Fino al 2003 la compagnia aerea ha utilizzato tre diversi schemi di livrea, successivamente è stato introdotto un nuovo logo che mostrava tre simboli distintivi del Nord: l'orso polare, il sole di mezzanotte e l'aurora boreale.
Il 1º aprile 2014, Inuvialuit Development Corporation ha acquistato la quota del 50% di NorTerra detenuta dai Nunasi consentendo di ottenere il controllo completo della Canadian North.[2] L'11 aprile dello stesso anno Norterra e Makivik Corporation, proprietari di First Air, hanno annunciato di essere in trattative per unire le due compagnie aeree ma senza buon esito.[3][4] Nell'ottobre 2014 è stato annunciato che la fusione non sarebbe andata a buon fine ma Canadian North avrebbe comunque utilizzato il code sharing su alcuni voli con First Air fino al 16 maggio 2017. Il 23 febbraio 2017, la Inuvialuit Development Corporation (IDC) ha annunciato che erano stati conclusi accordi per trasferire la proprietà della Canadian North direttamente alla Inuvialuit Development Corporation.[5]
Il 28 settembre 2018, Makivik Corporation e Inuvialuit Corporate Group hanno firmato un accordo definitivo per fondere Canadian North e First Air con l'obiettivo di utilizzare la livrea di First Air ed i codici di volo di Canadian North.
Il 1º novembre 2019, First Air e Canadian North hanno completato la fusione combinando i programmi in uno.
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