Nel 1999 ha partecipato di nuovo al mondiale di calcio Under-20, stavolta però l'Irlanda uscì ai sedicesimi contro la Nigeria. Prima di essere promosso a commissario tecnico della Nazionale maggiore, Kerr ha anche ottenuto la qualificazione ai mondiali Under-20 del 2003. Il 27 gennaio 2003, a sorpresa, è stato chiamato ad allenare la Nazionale irlandese sostituendo Mick McCarthy colpevole di aver fallito la qualificazione agli Europei 2004.[2] La prima partita di Kerr da CT dell'Irlanda fu un'amichevole vinta 2 a 0 contro la Scozia all'Hampden Park.[3] Brian Kerr, nonostante le sole 4 sconfitte nella sua gestione, è stato licenziato il 18 ottobre 2005 per aver fallito la qualificazione ai Mondiali 2006[4].
Nelle qualificazioni, il gruppo 4 si rivelò molto tirato e, nonostante una sola sconfitta, l'Irlanda finì addirittura quarta, un punto dietro Svizzera e Israele. Kerr, nella sua esperienza da CT irlandese ha giocato 33 partite: ne ha vinte 18, pareggiate 11 e perse 4.[5] Il 1º marzo 2007 è ritornato al suo vecchio club il St. Patrick's Athletic però questa volta come Direttore Sportivo, si dimette dalla carica il 19 maggio 2008. Il 6 aprile 2009, dopo altri 4 anni di inattività, è diventato l'allenatore della Nazionale faroese.[6] La prima partita da CT faroese fu il 10 giugno 2009 contro la Serbia, partita persa 2 a 0.[7] Il 9 settembre 2009, in partita valida per la qualificazione al campionato del mondo 2010, le Fær Øer hanno battuto la Lituania col risultato di 2 a 1. L'ultima vittoria faroese in una partita di qualificazione mondiale risaliva ad otto anni prima, nel settembre 2001, contro il Lussemburgo.[8] Il 27 ottobre 2011 viene esonerato.
