Cresciuto nel Lyngby (ad eccezione di un fugace prestito all'Hellerup nel 1984), debutta in prima squadra nel 1985, rimanendovi per le successive cinque stagioni. Nel 1990 è acquistato dagli italiani del Pisa, con cui disputa un campionato in Serie A (1990-1991) e uno in Serie B (1992-1993), intervallate da un primo ritorno al Lyngby nell'annata 1991-1992.
Dopo due brevi parentesi in prestito tra il 1993 e il 1994, prima agli inglesi dell'Aston Villa e poi ai tedeschi del Waldhof Mannheim, Larsen torna in patria, dapprima ancora al Lyngby (1994-1996) e poi al Copenaghen (1996-1999), chiudendovi la carriera professionistica. Nel 2016 torna all'attività, come giocatore-allenatore del Græsrødderne.
Nazionale
Tra il 1989 e il 1996 ha disputato 39 gare nella nazionale danese segnando 5 reti, due delle quali nella semifinale del campionato d'Europa 1992 in Svezia contro i Paesi Bassi, gara poi vinta dagli scandinavi ai tiri di rigore, che si laureeranno poi campioni d'Europa.
Allenatore
Inizia la carriera in panchina nel 2000 con l'Ølstykke. Dal 2002 al 2005 è commissario tecnico delle Fær Øer, passando poi alla guida di Holbæk e Køge BK. Dal 2008 al 2009 allena la squadra danese del Lyngby, nella seconda divisione danese. Dopo una breve parentesi come assistente al Randers, torna nel 2009 al Lyngby come assistente della formazione Under-19. Dal 2016 ricopre il ruolo di allenatore-giocatore del Græsrødderne.
Statistiche
Cronologia presenze e reti in nazionale
Cronologia completa delle presenze e delle reti in nazionale ― Danimarca
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