Dopo una breve carriera da calciatore professionista nel Fulham e nel Brighton, nel 1970 Houghton iniziò la sua carriera di allenatore (affiancandola a quella di giocatore) nella squadra dilettantistica dello Hastings United, divenendo l'allenatore più giovane ad aver allenato una squadra inglese[2]. Nel 1971 Houghton passò ad allenare il Maidstone United, mentre l'anno successivo fu assunto come vice allenatore di Bobby Robson nell'Ipswich Town[3].
Nel 1974 Houghton fu ingaggiato come tecnico del Malmö FF che, con il suo modulo di gioco allora inedito per la Svezia[1], condusse alla conquista di tre campionati e tre Coppe di Svezia. Con Houghton in panchina la squadra guadagnò inoltre una certa fama a livello internazionale raggiungendo la finale di Coppa dei Campioni nel 1979 (persa contro il Nottingham Forest) e giungendo seconda in Coppa Intercontinentale (il Malmö aveva giocato la partita a causa della rinuncia del Nottingham Forest).
Dopo aver ricoperto alcuni incarichi dirigenziali per diverse squadre cinesi[2], nel 2005 Houghton riprese la carriera di commissario tecnico dapprima sulla panchina della nazionale uzbeka, quindi, dal 2006 fino al 2011[4], su quella della nazionale indiana, contribuendo ad un miglioramento nei risultati e nelle prestazioni della squadra[5].
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