Il 5 gennaio 1960, dimessosi Parisot per motivi di salute, venne nominato arcivescovo metropolita di Cotonou. Fu anche eletto presidente della locale conferenza episcopale; partecipò a tutte le sessioni del Concilio Vaticano II e alla prima assemblea ordinaria del sinodo mondiale dei vescovi (1967).
Lasciò i precedenti incarichi l'8 aprile 1984, quando venne nominato prefetto della Congregazione per i vescovi, primo cardinale di origine africana ad essere messo a capo di una congregazione della Santa Sede.
Il 5 giugno 1993 venne eletto decano del collegio cardinalizio e ricevette anche il titolo della chiesa suburbicaria di Ostia. Il 25 giugno 1998, raggiunto il limite di età di 75 anni, si dimise dalla carica di prefetto. Il 30 novembre 2002 perse la qualifica di cardinale elettore per il superamento dell'età di 80 anni, preferì allora dimettersi dalla carica di decano e tornare in Benin; mantenne il titolo di decano emerito fino alla morte.
Alle 16.45 del 13 maggio 2008, cinque giorni dopo il suo ottantaseiesimo compleanno, morì a Parigi dove era da tempo ricoverato. Il 24 maggio è stato tumulato nell'altare della cappella del Seminario maggiore "San Gallo" a Ouidah.[1]
