È cresciuta calcisticamente nelle giovanili del Firenze, società che l'ha inserita nella formazione che disputava il Campionato Primavera dai primi anni duemila. Le prestazioni offerte nelle giovanili convinsero la società a inserirla in rosa con la squadra titolare.
Guagni ha fatto il suo debutto in Serie B nel corso della stagione 2002-2003, venendo impiegata per tutto il campionato tranne in una sola occasione, realizzando 15 reti su 21 presenze e contribuendo a raggiungere la seconda posizione del girone C, dietro il Grifo Perugia, e la promozione in Serie A2. Dopo tre campionati in cadetteria, al termine della stagione 2005-2006 ha conquistato con il Firenze la promozione in Serie A. Ha giocato con la maglia viola nel massimo livello del campionato italiano femminile di calcio per le due successive stagioni, al termine delle quali c'è stata la retrocessione in Serie A2. Ha quindi giocato altre due stagioni in Serie A2, riconquistando la promozione in Serie A e rimanendo con il Firenze fino al termine della stagione 2014-2015[2].
Guagni ha vestito ininterrottamente la maglia del Firenze fino al 2015, con le sole eccezioni estive dal 2013 in poi in prestito al Seattle P.H.A., dell'OSA Group[3], dove sotto la guida tecnica di Antonio Cincotta contribuisce a conquistare il titolo dello stato di Washington e la coppa nazionale (Evergreen Cup)[4]
Nell'estate del 2013 ha giocato in prestito tra le file del Pali Blues, con cui ha disputato otto partite in Women's Premier Soccer League (WPSL), inclusa la finale vinta dal Pali Blues[5]. Nelle due estati successive ha giocato per il Tacoma 253 nella WPSL[6].
Nell'estate 2015, a seguito della fondazione della Fiorentina Women's come sezione femminile affiliata all'omonimo club maschile e da accordi con il Firenze, viene inserita in rosa nella nuova squadra che ha partecipato alla stagione di Serie A 2015-2016.
Nella prima stagione della nuova società la squadra si rivela una delle più competitive, militando stabilmente ai vertici della classifica; Guagni contribuisce a terminare il campionato al terzo posto mentre in Coppa Italia la Fiorentina viene eliminata dal San Zaccaria ai sedicesimi di finale. La stagione successiva è quella più significativa della sua carriera, festeggiando con le compagne il primo posto in Serie A, con la conquista del primo Scudetto femminile per la società, conservato in tutto l'arco del campionato, frutto di 21 vittorie e una sola sconfitta,[2] e della Coppa Italia, battendo in finale per 1-0 le detentrici del trofeo del Brescia e dove è autrice al 5' dell'unica rete dell'incontro. Grazie a questo risultato ha inoltre l'occasione di debuttare in un torneo internazionale per club, la UEFA Women's Champions League, giocando tutti i quattro incontri che disputa la sua squadra della stagione 2017-2018 fino agli ottavi di finale, quando la Fiorentina viene eliminata dalle tedesche del Wolfsburg.[7]
A luglio 2020 ha lasciato Firenze, dove aveva giocato per tutta la carriera (18 anni più gli anni nelle giovanili), prima nel Firenze e poi nella Fiorentina, e si è trasferita in Spagna, accordandosi per tre stagioni con l'Atlético Madrid[8].
Il 3 gennaio 2022, dopo una stagione e mezza all'Atletico Madrid, è stato ufficializzato il suo passaggio al Milan, in Serie A.[9]
Il 12 agosto 2024, Guagni viene ingaggiata a parametro zero dal Como, sempre in Serie A.[10][11]
Con l'avvicendamento della guida tecnica della nazionale affidata a Milena Bertolini, Guagni continua a riscuotere la fiducia del nuovo CT venendo impiegata durante le qualificazioni al Mondiale di Francia 2019[7] e disputando da titolare tutte e 5 le gare delle Azzurre nel torneo.
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