Jáki atya első jelentős tudományos könyve az úttörő A fizika látóhatára, amelyet a Chicagói Egyetem kiadója adott ki 1966-ban.[2] Ebben, valamint az elkövetkező írásainak jelentős részében Jáki atya tekintélyes és vitatott személyiséggé vált azzal, hogy a nyugati tudomány történetének egy olyan új elbeszélése mellett érvelt és bizonyított, amely mélyen felkavarta azt az általános nézetet, amit kezdetben Francis Bacon, René Descartes és az őket követő utódaik, a 19. századi francia „enciklopédisták” és brit utilitaristák sugalltak és fejtettek ki. Röviden összefoglalva Jáki érve az volt, hogy három előítélet sújtja a tudomány fejlődése és különösen annak sikerei köré font magyarázatot: az empirizmus, az idealizmus és az antiklerikalizmus. Felfedezve és elmélyítve a francia katolikus fizikusok és Pierre Duhemtudománytörténész úttörő munkáit (akiről egy jelentős életrajzot is írt), Jáki atya a középkori vallásosság és tudomány jelentősége mellett érvelt, mint amelyek előkészítették az utat Kopernikusz, Kepler, Galilei és Newtonfizikai és csillagászati áttörésének. Sem az ókori vagy a baconi empirizmus, sem az ókori vagy modern idealizmus nem találhatta volna meg a metafizikairealizmus „középútját”, ami aztán a tudományos áttörést mozdította elő a 17. században, legszembetűnőbb példaként Newtonnál.
Az ókori és modern empirizmust és idealizmust illető kritikájában Jáki Szaniszló azt is alátámasztotta, hogy a tudománytörténetet többször is igazságtalanul és helytelenül keresztényellenes ideológiai fegyverként használták fel, különösen a francia egyházellenes propagandisták hosszú sorában, az enciklopédistáktól kezdve George Sartonon át Alexander Koyre-ig. Ezekben a kérdésekben, valamint a tudomány, a filozófia, az etika, a vallás és a kultúra kapcsolataiban Jáki Szaniszló munkásságának filozófiai ereje és jelentősége az egész világon elismert. Jáki Szaniszló páratlanul élesen látó, részletes, filozófiailag is alátámasztott munkája Duhem nagyszabású életművét, valamint Alfred North Whitehead rövid Science and the Modern World (1925) című művét bontotta ki és tette teljessé.
Jáki atya az elsők között állította azt is, hogy Gödel első nemteljességi tétele a teoretikus fizikában a szuperhúr vagy mindenség elméletekre(Theory of Everything, ToE) is vonatkozik. Kurt Gödel tétele azt állítja, hogy minden matematikai elmélet, még ha a számelmélet bizonyos alapvető tényeit is tartalmazza (és kiszámíthatóan felsorolható, azaz amelynek képleteit világosan fel lehet sorolni) vagy hiányos vagy következetlen. Mivel mindegyik „mindenség elmélet” bizonyára ellentmondásmentes, annak vagy hiányosnak kell lennie, vagy pedig képtelen arra, hogy bizonyítsa az alapvető tényeket az egészről.
