Apja dr. Hegedűs Géza jogász, édesanyja Szabó Magdolna gyógypedagógus. Hajdúnánáson érettségizett. Érettségi után, 1949 és 1954 között a Budapesti Református Teológiai Akadémián folytatta tanulmányait.
Hegedűs az 1956-os forradalomban aktívan részt vett, a Rádiónál elsőként elesett forradalmi mártírok tiszteletére először ő húzta meg a Kálvin téri református templom harangját, amelyet a környező templomok harangjai követtek. A forradalom napjaiban a változást követelők mellé állt, az október 25-i véres csütörtökön a munkásokkal és a diákokkal együtt vonult ő is fegyvertelenül a Parlament elé.[3]
November első napjaiban személyes fellépésével vette elejét, hogy fegyveresek törjenek be a templomba, megakadályozta, hogy azt is hadszíntérré tegyék. A november 4-i szovjetagresszió után az elesettek temető lelkésze az Új köztemetőben.[3][4]
Ezt követően, több korábbi budapesti teológus társát, így Szabó Mihályt, Bóka Andrást és Czanik Pétert, követően Hegedűst is újra Baranyába helyezték, de ekkor már 20 évre. Hidas lelkipásztora lett, ahol a betelepített bukovinai székely közösség vezetőjévé vált 1963 és 1983 között. A Baranyában burjánzó egykézés szokása ellen már itt felemelte hangját, és ez számos későbbi prédikációjában megjelent.
Tudományos elismertsége ellenére, Hegedűs könyvei és cikkei – mint politikailag és egyházpolitikailag megbízhatatlan személynek – évtizedekig nem jelenhettek meg, doktorátusát nem engedélyezték.
Következetesen képviselte a Református Egyház megtisztulásának szükségességét, így a kommunista diktatúra alatt papi tisztséget betöltők átvilágításának kérdésében is határozottan állást foglalt. Nagy fontosságot tulajdonított az egyházi iskolák újraindításának, nagy szerepet vállalt a Károli Gáspár Református Egyetem elindításában.
2004-től, nyugdíjba vonulása után a Hazatérés Temploma (Szabadság téri Református Egyházközség) örökös lelkipásztorává választotta, ahol amikor egészségi állapota engedte, lelkészi szolgálatot végzett.
2006-ban elsőként kapta meg a Hajdúnánás Városáért kitüntető díjat, majd 2011-ben szülővárosa díszpolgára lett.
Búcsúztatása
Temetése 2013. február 16-án, szombaton,13 órakor volt Budapesten, a Fiumei úti Sírkertben.[8] Síremléke a 24-1-15 sírhelyen áll, melyet a Babusa János alkotta mellszobor díszít.
2014. augusztus 19-én avatták fel mellszobrát, Babusa János alkotását Hajdúnánáson.[9]