Struber az ausztriai Kuchl községben született. Az ifjúsági pályafutását a helyi SV Kuchl csapatában kezdte, majd a SC Austria Salzburg akadémiájánál folytatta.
1995-ben mutatkozott be a SC Austria Salzburg felnőtt keretében. 1995 és 2000 között a Puch, az Admira Wacker és az SV Wörgl csapatát erősítette kölcsönben. 2001-től 2008-ig több alacsonyabb osztályban szereplő klubnál is szerepelt. 2008-ban visszatért a Red Bull Salzburghoz.
Edzőként
2017 és 2018 között a Red Bull Salzburg második csapatának számító Liefering edzője volt.[1] 2019-ben a Wolfsberger AC, majd az angol Barnsley szerződtette.[2] 2020. október 6-án az észak-amerikai első osztályban szereplő New York Red Bulls vezetőedzője lett.[3] 2023 májusában távozott a klubtól.[4][5] Július 31-én kétéves szerződést kötött a Red Bull Salzburg csapatával.[6] 2024. április 12-én a LASK Linz ellen 3–1-re kikaptak, majd három nappal később annak ellenére menesztették, hogy vezették a bajnokságot.[7] Utodja Onur Cinel lett, ideiglenesen.[8]