1919-ben, miután letette a hűségesküt a csehszlovák államra, a hatóságok a helyén hagyták.[3] Az új államhatárok miatt Sátoraljaújhelyen vikariátust szervezett. 1920-ban aktívan közreműködött a Keresztényszocialista Párt létrehozásában.[4] A csehszlovák hatóságok kritikusan néztek tevékenységére és feltehetőleg kísérletet tettek elmozdítására. 1921-ben redemptoristákat hívott Sztropkóra, akik a volt ferences kolostorban kaptak elhelyezést. A szlovákiai püspökök 1924. január 24-ei memorandumát is aláírta, amelyben az egyes egyházmegyékben a szalézi rend számára intézetek létrehozását javasolták. Fischer-Colbrie Ágoston volt az utolsó olyan szlovákiai püspök, aki a szlovákiai magyarságot is képviselte.
Nagy műveltségű férfi volt, napi négy órát töltött tanulással, sok könyvet írt. Még korához képest is igen sok (11) nyelven beszélt: angolul, magyarul, szlovákul, oroszul, franciául, olaszul, latinul, németül, arabul, héberül, ógörögül. Szorgalmazta, hogy egyházmegyéje papjai is legyenek tagjai az antialkoholista egyleteknek.
Sok szociális és kulturális intézményt alapított, köztük a Szent József Szegénygyermekek Otthonát, Kassai Patronage-t, Átmeneti Fiú Otthont, Leánymenhelyt, Katholikus Tanonc Otthont, keresztény iparosok és kereskedők fogyasztási szövetkezetét. A Farkas Edith által 1908-ban alapított Szociális MissziótársulatnakSzikszón ingatlant biztosított. 1907-ben részt vett a Szent Erzsébet nyomda létrehozásában, szorgalmazta a Felvidéki Újság kiadását (1919–1921 Esti Újság néven működött), melyben több publikációja jelent meg.
Az első világháború előtt jelentkező türelmetlen nemzetiségi politika sok idegen nyelvű pap üldözését is okozta. Ezt Fischer-Colbrie mindvégig visszautasította, papjai mellett kiállt. Politikai nézetei szerint a keresztényszocializmus állt hozzá a legközelebb. XIII. Leó pápa „Rerum novarum” körlevelét ő fordította magyarra. 1917-ben egyházi földreformot javasolt, 1918 után pedig több különböző tanulmányt jelentetett meg reformelképzeléseiről (a nők társadalmi helyzetéről, a munkásosztály problémáiról).
1919. október 25-én állami részről felkérték Fischer-Colbrie püspököt, hogy tartson egy díszmisét az egyéves Csehszlovákia fennállásának ünnepére, amire a püspök azt válaszolta, hogy gyászmisét szívesen tart, mivel Szlovákia katolikus lakosságát annyi sérelem érte az utóbbi egy évben, hogy nincs mit ünnepelni.
Mindemellett rengeteg cikket írt a Közel-Keletről a héber-arab világról, ahogyan vallásukról és az ottani régészeti munkákról is.
Emléke
Fischer-Colbrie Ágostont mint szentéletű aszkétát írja le Márai Sándor az Egy polgár vallomásai című művében: "A püspök úr is a főutcán lakott, finom, emeletes barokk palotában. De őt már ritkábban látta a nép, zárkózottan élt. Társaságba nem járt soha, s csak a külváros utcáin tűnt fel alkonyatkor törékeny, finom alakja, valamelyik kedves kanonokja vagy udvari papja kíséretében. Ez a püspök nagy úr volt. Főhercegeket nevelt, s az udvar nem feledkezett meg róla később sem, mikor elvonult e kisvárosba. Róma és Bécs meghallgatták véleményét, és respektálták tanácsait. Nagyúr volt és lelkes, szigorú aszkéta pap. Hosszú élete végéig elrejteződött a tömeg elől, nagy ünnepeken látták csak hívei, s akkor rendkívüli egyházi pompával jelent meg. Máskülönben láthatatlanul élt, katonai vaságyban aludt, mint a császár vagy mint a szegény, szigorú rendtartásra nevelt szerzetesek. Különös szabású főpásztori fövegben indult délutáni sétáira, valamilyen nagyon fényes, bársonyszerű kemény filcből készült, alacsony keménykalapban, melynek karimájáról hátul kis aranybojt lógott le a püspök tarkójára. Télen-nyáron kesztyűt viselt, s ha gyermekekkel találkozott, megállt, és kesztyűs kezével megsimogatta arcukat. A szegények negyedeiben sétált, elhagyott utcákon, s egyszer sokáig követtem. Vonzott a törékeny, előkelő jelenség, különösen kalapja és az az aranybojt csábított a követésére, mert senki más nem viselt ilyen föveget a városban. Az egyik utcasarkon észrevett, megállt, magához intett, megkérdezte nevemet, kézen fogott és hazakísért, mint egy elkalandozott bárányt. Ez a kitüntetés elmondhatatlan büszkeséggel töltött el, sokáig lázasan meséltem mindenkinek, aki hallani akarta, hogy a püspök, egy igazi püspök kísért kézen fogva haza. Rajongásomban el is határoztam, hogy hálából, szíves viszonzásul pap leszek."
