Édesapja, id. Ferencsik János miniszteri számtanácsos az első világháborúban, 1915-ben, az olasz fronton esett el. Édesanyja őt és öccsét hadiárvaként, nagy szegénységben nevelte fel. 10 éves korától Bodrogi Lajos alsó-krisztinavárosi egyházi karnagy foglalkozott vele, az orgonajáték mellett a klasszikus összhangzattan rejtelmeibe is beavatta. HegedűtanulmányaitHoppe István, az akkori Városi, ma Erkel Színház koncertmestere irányította. Később Sugár Viktor felvette a Nemzeti Zenedébe. Lajtha László professzortól tanult zeneszerzést, Fleischer Antal karmester hangszerelésre és partitúraolvasásra tanította. 1925-ben érettségizett, 1927-ben végzett a Nemzeti Zenedében, s még abban az évben az Operaház fizetés nélküli korrepetitora lett.
1930-ban vezényelt először nyilvánosan (Rimszkij-Korszakov: Seherezáde, balett, bemutató előadás). 1930–31-ben a Bayreuthi Ünnepi Játékok korrepetitora, s ott volt Arturo Toscanini minden zenekari próbáján. Később több nyarat töltött Salzburgban, aktív zenei munkával. 1930-tól tanított a Nemzeti Zenedében, kezdetben énekeseket korrepetált, később átvette Fleischer Antaltól a karmesterképző irányítását.
A nyilas uralom alatt nem nyúlt a karmesteri pálcához. 1945. március 10-én és 11-én az Erzsébetvárosi Körben vezényelte a Székesfővárosi Zenekart, március 17-én és 18-án a bombasérült Zeneakadémián; mindegyik koncertjén szerepelt Bartók egy-egy műve. 1945-től a Rádiózenekar vezetője. 1945 decemberében vezényletével bemutatták Bartók Béla A csodálatos mandarin c. színpadi művét.
1953-tól az operaház és a Magyar Állami Hangversenyzenekar főzeneigazgatója.
1950 utáni első nyugati útjára csak 1957-ben került sor. Ettől kezdve beutazta az egész világot: Afrika kivételével valamennyi földrészen járt. Kétévenként hosszan tartó körútra indult az Állami Hangversenyzenekarral az NSZK városaiba, Angliába, Ausztriába, Olaszországba, Svájcba; gyakran szerepeltek a Szovjetunióban. Többször járt az USA-ban, Kanadában, Dél-Amerikában, Japánban és Ausztráliában.
A zenekultúrának egyik legkimagaslóbb alakja, művészetét rendkívüli stílusbiztonság, a nemes előadói hagyományok továbbvitele jellemzi. Elévülhetetlen érdemeket szerzett a magyar zene nemzetközi népszerűsítésével is. Neve fémjelzi (Klemperer mellett) a budapesti operaház háború utáni működését. Lemezfelvételei külföldi kitüntetésekben részesültek.
Emlékdíj
1986-ban alapították Forgách József balettművész kezdeményezésére a Ferencsik János-emlékdíjat, amelyet először 1987. január 18-án (a karmester születésének 80. évfordulóján) adtak át. Az emléklap tervezése Reich Károly munkája; kiemelkedő hangszeres művészeknek és karmestereknek ítélik oda.[2] Páratlan években a Nemzeti Filharmonikus Zenekar (korábban Állami Hangversenyzenekar, ÁHZ), páros években pedig a Magyar Állami Operaház Zenekarának tagja kaphatja meg az évad legjobb művészi teljesítményéért és példamutató emberi magatartásáért. 2004-től minden évben a Magyar Állami Operaház Zenekarának egy tagja kaphatja. Alapításakor a díjazott egy hónapos külföldi tanulmányúton vehetett részt.[3]
Bónis Ferenc: Tizenhárom találkozás Ferencsik Jánossal. Zeneműkiadó, Budapest, 1984 ISBN 963-330-556-X
Fejér Gábor: Ferencsik János, az ember és művész portréja + Gábor István: Beszélgetések Ferencsik Jánossal. Műszaki, 1984 ISBN 963-10-6459-X
Gábor István: A BHZ-tól az ÁHZ-ig. Zeneműkiadó, Budapest. 1984 ISBN 9633305187
Schulhof, Belle: Budapest/New York. Egy impresszárió a zenei világban Cserépfalvi, 1990 ISBN 963-02-7452-3
Várnai Péter: Ferencsik János. (Hozzáférés: 2010. szeptember 20.)
Hanzl Péter, Nagy Sándor - Az üldöztetéstől a büszkeségig / A magyar LMBTQ emberek története a kezdetektől az ezredfordulóig (Háttér Társaság, 2023) ISBN 978-615-5707-27-8