Három kolostorban dolgozott, 1920 és 1932 közt Székelyudvarhelyen, 1932 és 1948 között Kolozsváron és 1948 és 1951 között Brassóban. Kolozsvárra érkezve Trefán Leonárdtól átvette a Szent Bonaventura nyomda és könyvkötészet irányítását, ugyanitt felelős szerkesztője volt a Hírnök és a Katolikus Világ című folyóiratoknak.
Tartományfőnökként
1942-ben lett tartományfőnök és hat éven át, elhurcolásáig vezette a rendet. 1944-ben az előrenyomuló szovjet hadsereg elől a rend tagjai közül sokan Budapestre menekültek. Fortunát atya utánuk ment, hogy összegyűjtse és Amerikába (az ohióiYoungstownba) vezesse őket, de a következő évben visszatért Erdélybe.
Az utolsó évek
1948-ban, Márton Áron püspökhöz hasonlóan dacolva az új kommunista rendszer elhatalmasodó egyházgyűlöletével, ő vezette a csíksomlyói búcsú körmenetét. Ezután a hatalom emberei már állandóan zaklatták. Kolozsvárt el is kellett hagynia, így Brassóba tette át a székhelyét.
1951. augusztus 20-án, Szent István ünnepén, a romániai házakból összeszedték a szerzeteseket és Máriaradnára gyűjtötték őket. Fortunát atyával kivételesen keményen bántak, őt a készülő Duna-csatornához internálták egy munkatáborba, Capul Midia település munkatáborába, ahol embertelen körülmények között dolgoztatták a jogfosztottakat. Fortunát atya 19 hónap után tüdőgyulladást kapott, magatehetetlen beteggé vált, de beszámolók szerint még ekkor is bántalmazták. „Mint gyengélkedőt lapáttal agyonverték” – írja a Magyar katolikus lexikon.
Utóélete
Zetelaka, szülőfaluja temetőjében szülei sírjánál csak egy emléktábla őrzi emlékét – sírja ismeretlen. 1994-ben Boros Fortunátról nevezték el a zetelaki líceumot, az iskola előterében látható a mellszobra.
Számos kiadást ért meg 1943-ban kiadott Csíksomlyó, a kegyhely című műve. Sok cikket írt a Jegenyén született 17. századi író, nyomdaalapító és énekszerző P. Kájoni Jánosról, aki 1648-ban Csíksomlyón lépett a ferencesek közé. Három könyvet is írt P. Csiszér Elek főatyáról, aki az 1880-as években reformot indított el és elérte az erdélyi ferences szerzetesek számának ugrásszerű gyarapodását. Doktori értekezése A csíksomlyói harminckét confrater címet viselte. Erdélyi egyháztörténeti tárgyú könyvei: Az erdélyi ferencrendiek (Kolozsvár, 1927), illetve Az első erdélyi törvénykönyv és a katolicizmus (Kolozsvár, 1930).
Művei
A csíksomlyói harminchét confrater; Szt. Bonaventura Ny., Cluj-Kolozsvár, 1923
A csíksomlyói kegyszobor története; Bonaventura Ny., Cluj-Kolozsvár, 1924 (A Katholikus Világ könyvei)
Fajunk veszedelme; Bonaventura Ny., Cluj-Kolozsvár, 1925 (A Katholikus Világ könyvei)
Mi az igazság?; Bonaventura Ny., Cluj-Kolozsvár, 1927 (Szent Kereszt hadserege ingyenkönyvtára)
Az erdélyi ferencrendiek; Bonaventura Ny., Cluj-Kolozsvár, 1927
Asszisi Szent Ferenc élete; Bonaventura Ny., Cluj-Kolozsvár, 1927 (A Katholikus Világ könyvei)
A kereszt zsoldjában; Bonaventura Ny., Cluj-Kolozsvár, 1928
Ferencrendiek a Székelyföldön; s.n., Sepsziszentgyörgy, 1929
Az első erdélyi törvénykönyv és a katholicizmus; Minerva Ny., Cluj-Kolozsvár, 1930 (Az Erdélyi Katholikus Akadémia felolvasásai)
Én Uram, én Istenem. Imakönyv férfiak részére; Szent Bonaventura Ny., Cluj-Kolozsvár, 1934