Az Európa-liga rájátszásából 29, az UEFA-bajnokok ligája rájátszásából 9, valamint 3 csapat kizárások miatt vehetett részt a csoportkörben.
Makkabi Tel-Aviv: 2013. augusztus 14-én az UEFA kizárta az ukrán Metaliszt Harkiv csapatát az európai kupasorozatokból egy 2008-ban lejátszott mérkőzés manipulálása miatt. A döntés értelmében a PAÓK a BL rájátszásába került. Emiatt az Európa ligában a már kisorsolt Makkabi Tel-Aviv–PAÓK párharcot törölték és a Makkabi játék nélkül az Európa-liga csoportkörébe került.[1] A Harkiv a Nemzetközi Sportdöntőbírósághoz (CAS) fordult, amely azonban elutasította az ukrán csapat beadványát.[2]
APÓEL: a Nemzetközi Sportdöntőbíróság (CAS) jogerős döntéssel, az UEFA korábbi döntését helybenhagyva 2013. augusztus 28-án kizárta a török Fenerbahçe csapatát, amely az UEFA-bajnokok ligája rájátszásának egyik vesztes csapat volt.[3] A helyére az Európa-liga rájátszásának vesztes csapatai közül sorsoltak, „szerencsés vesztesként” a ciprusi APÓEL került.
Tromsø IL: a CAS a török Beşiktaş csapatát kizárta, az UEFA korábbi döntését helybenhagyva, a helyére az Európa-liga rájátszásában legyőzött ellenfele, a norvég Tromsø IL került.[4]
A csoportkörben 12, egyaránt négycsapatos csoportot képeztek. A csoportokban a csapatok körmérkőzéses, oda-visszavágós rendszerben mérkőztek meg egymással. A csoportok első két helyén végző csapata az egyenes kieséses szakaszba jutott, a harmadik és negyedik helyezettek kiestek.
Sorrend meghatározása
Az UEFA versenyszabályzata alapján, ha két vagy több csapat a csoportmérkőzések után azonos pontszámmal állt, az alábbiak alapján kellett meghatározni a sorrendet:
az azonosan álló csapatok mérkőzésein szerzett több pont
az azonosan álló csapatok mérkőzésein elért jobb gólkülönbség
az azonosan álló csapatok mérkőzésein idegenben szerzett több gól
az összes mérkőzésen elért jobb gólkülönbség
az összes mérkőzésen szerzett több gól
az azonosan álló csapatok és nemzeti szövetségük jobb UEFA-együtthatója az elmúlt öt évben