Kovačić počeo je igrati nogomet u ranoj dobi, 2000. godine, na akademiji LASK Linza. Godine 2007., kada je Kovačić bio 13-godišnji talentirani veznjak, uočili su ga iz nekoliko uglednih europskih klubova, VfB Stuttgart, Ajax, Juventus i Bayern München ali njegova obitelj odlučila je preseliti se u Zagreb i ondje se priključio u nogometnu akademiju zagrebačkog Dinama.[2]
Dinamo Zagreb
Dana 6. listopada2010. godine, još kao kadet, Kovačić prvi je put trenirao s prvom momčadi Dinama.[3] Tako je 20. studenoga 2010. prvi put zaigrao za prvu momčad Dinama, i postao najmlađi strijelac HNL-a u utakmici protiv Hrvatskog dragovoljca.
Dana 27. kolovoza2011. godine Kovačić je sa 17 godina i 82 dana, u utakmici Prve HNL protiv Lučkog, postao najmlađi kapetan u povijesti Dinama.[4]
U sezoni 2011./12. Kovačić je s ekipom Dinama ušao u Ligu prvaka te je u skupini D igrao protiv Real Madrida, Lyona i Ajaxa. U zadnjoj utakmici u skupini u zagrebačkom porazu 1:7 protiv Lyona zabio je jedini Dinamov zgoditak i tako postao drugi najmlađi strijelac u povijesti Lige prvaka.
U ljeto 2018. godine Kovačić odlazi na jednogodišnju posudbu u londonskiChelsea.[12] Dana 18. kolovoza2018. godine Kovačić je debitirao za Chelsea u pobjedi (3:2) nad Arsenalom. U ljeto 2019., Chelsea je otkupio Kovačića za cijenu od 45 mil. €.[13] Dana 7. prosinca2019. godine, Kovačić je postigao svoj prvi ligaški pogodak u porazu (3:1) od Evertona. U sezoni 2018./19. osvojio je naslov drugog po jačini europskog natjecanja, Europske lige.[14]
2018.: Odlukom Predsjednice Republike Hrvatske Kolinde Grabar-Kitarović odlikovan je Redom kneza Branimira s ogrlicom, za izniman, povijesni uspjeh hrvatske nogometne reprezentacije, osvjedočenu srčanost i požrtvovnost kojima su dokazali svoje najveće profesionalne i osobne kvalitete, vrativši vjeru u uspjeh, optimizam i pobjednički duh, ispunivši ponosom sve hrvatske navijače diljem svijeta ujedinjene u radosti pobjeda, te za iskazano zajedništvo i domoljubni ponos u promociji sporta i međunarodnog ugleda Republike Hrvatske, te osvajanju 2. mjesta na 21. Svjetskom nogometnom prvenstvu u Ruskoj Federaciji.[23]
2024. Odlukom predsjednik Republike Hrvatske Zorana Milanovića odlikovan je Poveljom Republike Hrvatske: "Za izniman uspjeh hrvatske nogometne reprezentacije, doprinos sportu i međunarodnom ugledu Republike Hrvatske te osvajanju 3. mjesta na 22. Svjetskom nogometnom prvenstvu u Državi Katru"[24]
Najmlađi je debitant strijelac i kapetan u povijesti Dinama,[4] najmlađi strijelac Dinama u Ligi prvaka, te drugi najmlađi strijelac u povijesti 1. HNL-a[28] i drugi najmlađi strijelac u povijesti Lige prvaka.[29]