נפטר בסתיו 1957. נקבר בנהלל, לצד קברו של אחיו אליעזר, בהלוויה רבת משתתפים.
הניח את אשתו.
מחקריו ויצירתו
יפה התמחה בנושאי חקלאות לענפיה השונים בארץ ישראל. הוא השתתף בעריכת "השדה" – כתב עת לחקלאות שהופיע משנת 1920. ב-1923 התמנה לעורכו, וערך אותו עד סמוך לפטירתו.
הוא חקר ופרסם רבות על חקלאות ארץ ישראל הקדומה והמודרנית. וערך עשרות ספרים בנושאים שונים בחקלאות, שהופיעו ב"ספריית השדה".
לצד עבודתו בחקר החקלאות, חיבר ותרגם שירים אחדים שהולחנו ונעשו אהודים, בהם שיר הילדים "בין הרים ובין סלעים",[3] תרגם מיידיש את שיר האהבה "הרכבת" שכתב יוסף רולניק והלחינה ברטה קלינג,[4] וחיבר את השיר העממי "ידידי החלוץ", שהלחין יצחק פירוז'ניקוב.[5]
פרסומיו
שבילי בשדה
החקלאות העברית הקדומה בארץ ישראל
מאמרים
'ראשית ארגון ההגנה בתל-אביב', הד ההגנה, 2 (1956), עמ' 23–26.
שמעון דוד יפה, מפתח-תקוה לכנרת, בתוך: ברכה חבס (עורכת), ספר העליה השניה, תל אביב, הוצאת עם עובד, תש"ד-1944, עמ' 367–371.
'שלושים לפטירת ש"ד יפה ז"ל', (אסופת דברים לזכרו, בהם משל נחמן תרדיון, יעקב אורי, אברהם הרצפלד, עזרא דנין ואפרים תלמי), השדה לח, ב (חשוון תשי"ח, נובמבר 1957), עמ' 112 ואילך.