בגיל 29 מונה לרב היישוב שלומי, ולאחר כשלוש שנים מונה לרב העיר צפת[2][3]. בשנת ה'תשנ"ג (1993), נבחר להיות חבר במועצת הרבנות הראשית לישראל, ומאז נבחר 5 פעמים ברציפות למועצת והוא מהוותיקים שבין חבריה. היה יו"ר ועדת המקומות הקדושים, וכיום הוא יו"ר הוועדה לענייני חקיקה ויו"ר מחלקת שחיטת חוץ לארץ באגף הכשרות ברבנות הראשית. כמו כן ערך את קובץ נוהלי הכשרות של הרבנות הראשית עם הרב לוי ביסטריצקי.
בשנת ה'תשס"ג (2003) הציג את מועמדותו למשרת הראשון לציון, אך לתפקיד נבחר הרב שלמה משה עמאר. בשנת ה'תשע"ג (2013) הגיש את מועמדותו בשנית לתפקיד. המועמדות נתקלה בהתנגדות בשל עמדותיו והתבטאויותיו בנוגע להשכרת דירות לערבים ועוד. היועץ המשפטי הודיע כי יש בעיה ולא יגן על המועמדות בבג"ץ, לבסוף המועמדות אושרה[4][5]. בבחירות זכה הרב יצחק יוסף שקיבל 68 קולות מתוך 147, לעומת 49 לרב אליהו[6]. לפני הבחירות פרסם יו"ר רבני בית הלל הרב רונן נויבירט שנודע לו כי "בצעד אצילי" כדבריו, ויתר הרב אליהו על חתימות שהיו לו (כל מתמודד מחויב להציג לפחות 20 חתימות מחברי הגוף הבוחר כדי שיוכל להתמודד לתפקיד) לטובת מתחרהו הרב אליהו אברג'ל, וביקש מכמה מתומכיו לחתום לרב אברג'ל לאחר שהשר אריה דרעי גרם לכמה מהחותמים לו לחתום חתימה כפולה ובכך לפסול את החתימה. כשבכך מאפשר הרב אליהו לרב אברג'ל להתמודד מולו ואולי לקחת ממנו קולות שהיו יכולים להכריע את הכף לטובתו[7].
היה אחראי על קרן מורשת – קרן-גג לגרעינים תורניים בעיירות פיתוח בנשיאות אביו – עד לפירוקה בקיץ ה'תשס"ה (2005). הוא נשיא "עמינדב" – מארגוני השירות הלאומי, ומעייני הישועה הפועל למען החזרה בתשובה ולחיזוק הזהות היהודית. הוא יו"ר ועדת רבנים של מגן דוד אדום בישראל, שמטרתה לעודד צעירים דתיים להתנדבות משמעותית בארגון, על ידי מתן מענה הלכתי לבעיות הכרוכות בכך.
בראשית המאה ה־21 פעל לפתיחת מסלול לימודים תורניים במכללה בצפת לאנשי משטרה, צבא ושירות בתי הסוהר, שיוכרו לצורך תוספות שכר במשכורתם, ובהמשך חתם על תעודות סמיכה לרבנות לבוגרי המסלול. לאחר מספר שנים נחשפו זיופים ומעשי מרמה במסלול והוא נסגר. בפסק הדין שניתן בפרשה ציין השופט שהרב אליהו פעל להקמת המסגרת הכללית במכללה ולא התערב בתוכן הלימודים ובצורתם, ועל-כן מצא שההחלטה לא להעמידו לדין בפרשה סבירה[9].
הרב אליהו עוסק בשאלות בהלכה, בהלכות ציבור ובענייני קבלה, ועונה בכל יום למאות שאלות[דרוש מקור] במסרונים, בדואר האלקטרוני, בטלפונים ובפגישות אישיות. כמו כן הוא עונה לשאלות מאזינים ברדיו גלי ישראל בימי רביעי ושישי. בנוסף הוא מעביר שיחות בתיכונים ממלכתיים במסגרת תוכניות ועמותות שונות (אח"י, אפיקים, מעגלים, בשבע ועוד), בין היתר בעניין גיוס משמעותי לצה"ל.
מדי שבוע מעביר את השיעור השבועי "קול צופייך" אותו ייסד אביו בבית הכנסת "היכל יעקב" בירושלים, העוסק בענייני הלכה ואמונה. כמו כן מדי יום שישי מתקיימת ברדיו 'גלי ישראל' תוכנית 'חיים כהלכה' שבה עונה הרב לשאלות הלכתיות של הציבור הרחב.
הוא אהוד על הציבור הדתי לאומי העממי, ובתפילות ההלל שעורך במועדים משתתפים אלפי אנשים[11].
הרב אליהו הקים בית דין רבני, ביחד עם הרב אהרון ירחי והרב ראובן נקאר, שנועד לברר תלונות בנושאים של פגיעות מיניות בחברה הדתית והחרדית שלא הגיעו למשטרה, ועסק במסגרתו במקרים רבים[12].
בשנת 2014 היה מעורב בחשיפת מעללי הרב עזרא שיינברג ובהרחקתו מהישיבה שבראשה עמד[13]. במאי 2019 פרסם מכתב שבו שורת טענות קשות על התנהלות לא אתית של הרב שמואל טל, וסיכם שאינו ממליץ ללמוד ממנו או בישיבתו[14]. בית דין מיוחד שהוקם לברור בעניין, בהסכמת הרב טל והרב אליהו, קיבל חלק מטענות הרב אליהו ודחה את חלקן. בית הדין אסר על הרב טל לעסוק ברוח הקודש ולייעץ לאנשים באופן אישי, אולם התיר לו להמשיך לעמוד בראש הישיבה וללמד בה[15].
בשנת 2020 פורסם בידי התכנית חשיפה שהרב שאול אלקריב ביצע מעשים מגונים ועבירות מין במשך שנים במספר נשים שבאו לחצר שלו[16]. בית הדין של הרב אליהו הוציא מרוב הנשים שהצליח למצוא ונפגעו ממנו את העדויות ומסר אותם למשטרה ולחיים אתגר[17]. אלקריב בתגובה הכחיש את המעשה ואיים על הנפגעות, על הרב אליהו ועל חיים אתגר[18]. אלקריב אף ניסה לתקוף את אתגר במהלך דיון בבית המשפט.
הרב אליהו מוביל עד היום חרם רבני ודתי על הרב אליעזר ברלנד.
עם פרסום התחקיר על חיים ולדר בנובמבר 2021, קבע הרב כי, "הבנאדם הזה מסוכן לחברה, מהסוג של שיינברג, ברלנד, משי זהב", והוסיף, "קיבלנו עדויות מאוד חמורות מאנשים ונשים שנפגעו"[20]. במענה לשאלה שהופנתה אליו, המליץ שלא להחזיק בבית את ספריו[21]. אביגיל הלברון, מייסדת הארגון "לא תשתוק", אמרה בראיון למקור ראשון: "הרב אליהו הרים את הכפפה ושידר לנפגעים והנפגעות שהוא בצד שלהם, שהוא מאמין להם... אם הרב אליהו לא היה עושה מעשה, דבר לא היה מתקדם. הוא הביע אמון בנפגעות, ושום רב חרדי לא עשה את זה ככה. ברחוב החרדי אמרו 'הנה הגיע רב מזרוחניק לעשות סדר במגזר החרדי'"[12].
בדצמבר 2021 בעקבות פרשיית ולדר, אמר הרב צבי טאו אמר שהרב אליהו סובל ממקארתיזם ואיבד גבולות בטיפולו בנושא הטרדות מיניות[22].
במאי 2022 פורסם שהרב משה יזדי, רב קהילה ירושלמית שפעל לחזרה בתשובה, ניצל ותקף מינית נשים שבאו לשיעורים שלו[23], בתגובה הכריז בית הדין הרבני של הרב אליהו על תלמידיו של יזדי ככת ועל יזדי כאנס[24]. ובנוסף הכריזו עליו נידוי[25]. בית הדין של הרב אליהו זימן את יזדי לדין לבירור המעשים והמשטרה הודיעה שהרב אליהו יעזור בחקירתו.
ביוני אותה שנה פורסם כי מרדכי שולמן, מורה בגן ילדים בירושלים חרדי ביצע עברות מין בילדים בגן בו לימד[26]. בית הדין של הרב שמואל אליהו גזר עליו נידוי ודאג שיופצו בשכונות החרדיות בירושלים פליירים עם שמו ופירוט מעשיו שמזהירים את הציבור החרדי ממנו[27]. ובתיאום עם רבי נחום דב ברייאר, האדמו"ר של חסידות בויאן אליה השתייך שולמן, דאג בית הדין ששולמן יסולק מהחסידות[28].
עמדות ומחלוקות
הרב שמואל מברך ילד, ירושלים, התשע"ח
בזמן ההתנתקות שהה הרב אליהו בגוש קטיף והביע בפומבי את התנגדותו לתוכנית. למרות זאת, נפגש עם אישים פוליטיים שתמכו בהתנתקות ובהם השרה ציפי לבני. הביע את דעתו כי אין היתר הלכתי לפינוי יהודים מבתיהם[29].
הרב שמואל אליהו – פסח תשע"ו
בשנת תשס"ד כתב ביחס לרב עובדיה יוסף: "מאז הסכם אוסלו הארור ומאז שנהרגו כמה מחברי הטובים וילדיהם – אני לא מחזיק בביתי שום סידור שלו ושום ספר מספריו. לא מחרים אותו – אבל פשוט לא מסוגל"[30]. עם הזמן התרכך יחסו לרב עובדיה, והוא מזכיר את ספריו בדרשותיו.[דרוש מקור]
בדצמבר 2010 פרסם פסק הלכה הקובע כי ליהודים אסור למכור או להשכיר דירות לגויים, על בסיס האיסור של "לא תחנם"[31]. לפסק ההלכה צורפו חתימותיהם של כחמישים רבני ערים, ובשלב מאוחר יותר חתמו על המכתב למעלה מ-300 רבנים דתיים לאומים וחרדים, בהם הרבנים שלמה אבינר, זלמן מלמד, דב ליאור ושמחה הכהן קוק. הפסק עורר הד תקשורתי רחב וגינויים מצד מספר רבנים, ארגון יד ושם, יושב ראש הכנסת, ראש הממשלהנתניהו ונשיא המדינהשמעון פרס[32][33]. בתגובה לגינויים כתב הרב אליהו שהם נובעים מאידאולוגיה השוללת את קיומה של מדינת ישראל כמדינה יהודית ומגיוס פוליטיקאים חסרי עמוד שדרה. לדבריו, הפסק חוקי כמו חוק מקרקעי ישראל שאימץ את תקנות הקק"ל, המייעדות את קרקעותיה להתיישבות יהודית בלבד. הוא טען שהמגנים לא יצאו נגד הרשות הפלסטינית שחוקקה כי המוכר קרקע ליהודי דינו מוות[34]. בגילוי דעת שהתפרסם על ידי הרב אליהו ורבנים נוספים בינואר 2011, נאמר כי שלא כמשתמע מהמכתב הקודם חובה על פי התורה לגלות יחס שוויוני כלפי כל אזרחי המדינה, ועם זאת על מדינת ישראל לפעול נגד גורמים עוינים המבקשים לנצל את עקרון השוויון בין אזרחים נאמנים במדינה, על מנת לממש את זכות השיבה[35].
אמירותיו של הרב שמואל אליהו גררו מספר הליכים נגדו. בשנת 2002 הורה היועץ המשפטי לממשלהאליקים רובינשטיין לחקור אותו בחשד של הסתה לגזענות לאחר שהתבטא נגד לימודי ערבים במכללת צפת ובעד טרנספר לערביי ישראל[36]. בפברואר 2006 הגיש נגדו כתב אישום[37] אך כתב האישום בוטל לאחר שהרב הבהיר את דבריו[38]. בעקבות עתירה לבג"ץ שהגיש המרכז הרפורמי לדת ומדינה בדרישה להעמידו לדין משמעתי, בשנת 2017 קיימה עמו שרת המשפטיםאיילת שקד שיחת הבהרה בעניין חובת הזהירות הנדרשת בהתבטאויותיו מתוקף תפקידו[39]. לטענת העותרים, שנתמכה על ידי שופטי בג"ץ, הרב אליהו המשיך לומר דברים בעלי אופי דומה[40]. ב־2019 הוזמן לשיחת הבהרה נוספת אצל שר המשפטים אמיר אוחנה[41]. בספטמבר 2020 הורה בג"ץ להעמיד את הרב אליהו לדין משמעתי עקב חלק מהתבטאויותיו כבעל תפקיד ציבורי א-פוליטי. פסק הדין קבע באופן תקדימי כי רב עיר, יחד עם תפקידים נוספים, הם תפקידים א-פוליטיים ומכך אסור להם להתבטא באופן ששולל השקפות פוליטיות או ערכיות אחרות. ביחס לאחרות פסק בית המשפט כי הן לגיטימיות במסגרת מילוי תפקידו[42]. הוא הועמד לדין משמעתי בשנת 2024, ופרטי ההליך נשמרים בסוד[43].
בעקבות פסיקת בג"ץ שיש להרוס את בית הכנסת "איילת השחר" בגבעת זאב, לאחר שנציגי בית הכנסת לא הצליחו להוכיח כי יש להם זכויות בקרקע עליה הוא הוקם[44], אמר הרב אליהו כי בגליל ישנם אלפי בתים בנויים ללא רישיון ועשרות מסגדים שבנויים על קרקע יהודית ואינם נהרסים. "בית המשפט פרץ דרך לעצמו לפגוע במקומות הקדושים, וזה יפגע גם במקומות קדושים לנצרות ולאסלאם". הוא המליץ למרר לשופטים את החיים בהפגנות ובצעקות, במסגרת החוק[45].
בזמן המהומות בישראל (2021), לאחר שבתי משפט שחררו עשרות ערבים שנעצרו בעקבות התפרעויות, האשים הרב אליהו את השופטים באחריות להמשך המהומות, וקבע כי הם אשמים בכך שיהודים נרצחים[47].
ביוני 2021, לקראת הקמת ממשלת בנט ולפיד, שהייתה בשותפות רשימה ערבית, נמנה עם הרבנים שחתמו על עצומה לפיה אין לקבל "שתקום ממשלה בישראל שתפגע בדברים היסודיים ביותר בענייני דת ומדינה (...) ייפגעו גם ענייני הביטחון, ששייכים לעצם קיומנו, כאשר היא נשענת על תומכי טרור"[48].
בנובמבר 2023 התייחס לסערה שעורר בנוהשר עמיחי אליהו באומרו "מה עושים עם רצועת עזה? תמחוק אותם? להפיל עליהם אטום על עזה? זו אופציה, אותי לא יפטרו, את הבן שלי רצו אבל אותי לא יפטרו"[56].
בנובמבר 2023, תוך כדי מלחמת חרבות ברזל, קרא לבכירי צה"ל להתפטר[57]. בן דודו, הפרופ' שמגר בן אליהו האשים אותו בניסיון להכניס טריז בין מפקדי הצבא לבין הציבור וקרא לו להתפטר[58].
בשנת ה'תשע"ב החל במיזם של מפגשים עם אנשי דת מוסלמים, נוצרים ודרוזים[63] המפגשים נערכים בביתו של הרב אליהו בצפת, ומתקיימים בהם דיונים בנושאים המאחדים בין בני הדתות השונות ובדרך לצמצם את המתח הקיים ביניהן.
תרומת איברים
הרב שמואל אליהו עסק גם בתחום תרומת האיברים, שרבים מהציבור הדתי נמנעים ממנה, בשל בעיות הלכתיות סבוכות הכרוכות בה. לצורך כך השתתף בהקמת עמותת בלבבי, שקידמה חתימה על כרטיס ייחודי לציבור הדתי, המאפשר לתרום איברים בהתאם לדרישות ההלכה[64]. בשנת 2018 שונה הנוסח של כרטיס אדי כך שיתאפשר פיקוח הלכתי על תרומת איברים. מאז העמותה אינה מנפיקה עוד כרטיסים נפרדים, וקוראת לכלל הציבור לחתום על כרטיס אדי[65].
צניעות
בענייני צניעות הרב אליהו נוטה להחמיר יחסית למקובל בקרב רוב הרבנים הדתיים הלאומיים. כך למשל, ייעץ לשואלת שלא ללכת עם "חצאית 3/4" ללא גרביים[66], וכן ייעץ לשואל להגיע לזמן קצר בלבד לחינה של קרובת משפחה, שבה לא יישמרו גדרי הצניעות[67]. הוא כתב מאמר תמיכה בטשטוש של תמונות פניהן של בנות, בעלון שבת המופץ בבתי כנסת, כדי למנוע הסחת דעת מהתפילה[68].
