בשעות הצהריים של 20 בדצמבר יצאה הורגן לריצה במקום מבודד יחסית בשמורת הטבע יער ריחן הסמוך למקום מגוריה.[2] לאחר שעות אחדות בהן לא חזרה לביתה, המשפחה דיווחה למשטרה ולצה"ל והחלו חיפושים אחריה והיא הוגדרה כנעדרת. בסביבות השעה 01:00 בלילה היא נמצאה על ידי אחת מיחידות הסריקה של יחידת החילוץ שומרון-בקעה, ללא רוח חיים, כשגולגולתה מנותצת על סלע. על פרטי החקירה הוטל צו איסור פרסום.[3][4] ב-24 בדצמבר פורסם שנעצר חשוד ברצח, פלסטיני מהיישוב טורה אל-ע'רביה[5] שבנפת ג'נין.[3] החשוד גבר כבן 40, בעל עבר של פעילות חבלנית עוינת ללא שיוך לארגון טרור, קשר עצמו למעשה הרצח.[6] יחד איתו נעצרו עוד כמה פלסטינים.[6]
הרצח בוצע בצד הישראלי של גדר ההפרדה. הרוצח הסתנן מבעד לגדר, ואז ארב לקרבן יהודי, כדי לרוצחו.[7]
ב-27 באוקטובר 2021 המחבל מוחמד כבהא הורשע בעבירה של גרימת מוות בכוונה, עבירה המקבילה לרצח, ובשורת עבירות נוספות.[8] במרץ 2022 נידון למאסר עולם, שלוש שנים נוספות, ותשלום פיצויים בהיקף של כ־3.5 מיליון שקל.[9]
סמוך לט"ו בשבט שלאחר הרצח, יזמה תנועת "אם תרצו" נטיעת מאות שתילי עצי זית סמוך ליישוב ריחן, לזכר אסתר הורגן.[12]
משפחתה של אסתר יזמה מימון המונים, בו נתרמו למעלה ממיליון ש"ח, כדי להקים באזור הרצח פארק שישולב בטבע ויקרא "פארק אסתר".[13][14]
כשבוע לאחר הרצח פורסם ברשתות החברתיות קליפ לזכרה של אסתר, ובו גרסה מוזיקלית מחודשת לשיר "לי ולך". השיר, שנכתב על ידי דידי מנוסי והולחן על ידי יוחנן זראי, בוצע יחד עם בית נוסף שנכתב על ידי אביגיל עמר עוזיאל לאחר הרצח.[15]
ב-10 ביוני2021 פורסם ברשתות החברתיות הסרט הדוקומנטרי הקצר "בחזרה אל היער", אשר הופק בעקבות הפיגוע. בשנת 2021 הוכרז מרוץ לזכרה של אסתר - "מרוץ הצפון בשומרון" והוא מתקיים מדי שנה ביער שבו נרצחה.