מקנמרה השלים את קורס הטיס באפהייבן, ובאוגוסט הוצב במצרים, אך ב-8 בספטמבר אושפז בבית חולים בגלל דלקת באשכים. הוא שוחרר מבית החולים ב-6 באוקטובר, ושירת למשך תקופה קצרה כמדריך טיסה בטייסת 22, לפני שהוצב מחדש בטייסת 1. במשימתו הראשונה, שהייתה סיור מעל סיני, הוא לא היה מודע לכך שמטוסו נפגע מירי נ"מ, וחזר לבסיסו כשאספקת שמן המנועים שלו נוצלה כמעט עד תום. הוא טס במטוסי B.E.2 ומרטינסייד, ובחודשים שלאחר משימתו הראשונה יצא לגיחות סיור והפצצה.
צלב ויקטוריה
ב-20 במרץ1917 טס מקנמרה במטוס מתוצרת מרטינסייד, והיה חלק מרביעיית מטוסים של טייסת 1 שנטלה חלק בפשיטה נגד צומת מסילות רכבתעות'מאנית ליד עזה. בגלל מחסור בפצצות חומשו כל המטוסים בשישה פגזיהוביצר מותאמים בקוטר 4.5 אינץ'[2]. מקנמרה הטיל בהצלחה שלושה פגזים, אך הרביעי התפוצץ בטרם עת, וגרם לו לפציעות רסס קשות ברגל. הוא פנה בחזרה לבסיס שלו, ואיתר את אחד מחבריו לטייסת באותה משימה, קפטן דייוויד ראתרפורד, שהיה על הקרקע ליד מטוס ה-B.E.2 המיורט שלו[3]. במקרים דומים קודם לכן נהרגו חיילי מדינות ההסכמה על ידי חיילי מעצמות המרכז, ומקנמרה הבחין במספר פרשים טורקים בדרכם אל ראתרפורד[3].
למרות תנאי השטח הקשים והפצע הפתוח ברגלו, הוא נחת ליד ראתרפורד בניסיון לחלצו[2]. במטוס חד-מושבי זה לא היה תא טייס נוסף, וכתוצאה מכך החליט ראתרפורד לקפוץ ולהיאחז בכנף המטוס. כתוצאה מהפציעה ברגלו והמשקל העודף של ראתרפורד, שהפר את שיווי המשקל המכני של המטוס, התרסק מקנמרה בזמן שניסה להמריא. שני החיילים, שניצלו מפציעה נוספת בתאונה, הציתו את המרטינסייד ומיהרו לעבר מטוס ה-B.E.2 הדו מושבי של ראתרפורד. ראתרפורד תיקן את הנזק במנוע המטוס, ובמקביל השיב מקנמרה אש באמצעות אקדח תופי לעבר הפרשים הטורקים שהתקרבו אליהם וירו עליהם[3]. שני הטייסים האחרים מטייסת 1, לוטננט (לימים מרשל אוויר) פיטר רוי מקסוול דראמונד ולוטננט אלפרד אליס, החלו גם כן בהפצצת חיילי האויב[2]. מקנמרה הצליח להתניע את ה-B.E.2 ולהמריא, כשראתרפורד יושב בתא הנווט[3]. מקנמרה היה על סף אובדן הכרה, אך הצליח להטיס את המטוס בחזרה לאורך 110 קילומטרים לאל עריש[3].
זמן קצר לאחר הנחיתה איבד מקנמרה את ההכרה[2]. הוא פונה לבית החולים, שם כמעט מת מתגובה אלרגית לחיסון נגד טטנוס שניתן לו. הוא נאלץ לעבור החייאה, אך התאושש במהירות. ב-26 במרץ המליץ בריגדיר גנרלג'פרי סלמונד, המפקד הכללי של בריגדת המזרח התיכון, כי מקנמרה יקבל את צלב ויקטוריה[4]. ב-3 וב-4 באפריל כתבו דראמונד[5], אליס[6] וראתרפורד את הצהרותיהם אודות פעילותו של חברם לנשק, כאשר ראתרפורד מצהיר כי "הסיכון של לוטננט מקנמרה להיהרג או להילקח בשבי היה כה גדול שגם אם לא היה נפצע ניתן היה להבין אלמלא חילץ אותי - העובדה שנפצע הפכה את פעולתו לאבירית באורח יוצא דופן - נחישותו ותושייתו וחוסר יחס מוחלט לסכנה לאורך כל המבצע היו שווים את העיטור הגבוה"[7]. הידיעה אודות הענקת צלב ויקטוריה למקנמרה פורסמה בלונדון גאזט ב-8 ביוני 1917[8], והייתה זו הפעם הראשונה והיחידה במלחמה שהעיטור ניתן לאיש אווירייה אוסטרלי:
משרד המלחמה, 8 ביוני 1917. הוד מעלתו המלך אישר בשמחה את הענקת צלב ויקטוריה לקצינים, למש"קים ולחיילים המוזכרים להלן: - [...] לוטננט פרנק יוברט מקנמרה, הכוחות האוס', ח.א.מ עבור אומץ ומסירות ניכרים ביותר לחובתו במהלך הפצצה אווירית על רכבות האויב, כאשר אחד מטייסינו נאלץ לנחות מאחורי קווי האויב. לוטננט מקנמרה, שהבחין במצב הקשה של הטייס ובעובדה שפרשים עוינים מתקרבים, נחת על מנת להצילו. הוא עשה זאת תחת אש רובים כבדה ולמרות העובדה שהוא עצמו נפצע באורח קשה ברגלו. הוא נחת במרחק 200 יארד בקירוב מהמטוס הפגום, שהטייס שלו טיפס על מטוסו של לוטננט מקנמרה, וניסה להמריא. אולם, בעקבות רגלו הפגועה לוטננט מקנמרה לא היה יכול לשמור על מטוסו באוויר, וחזר לקרקע. שני הקצינים, שחילצו את עצמם, הציתו מיד את המטוס ועשו את דרכם למטוס הפגוע, והצליחו להתניעו. לבסוף לוטננט מקנמרה, למרות שהיה חלש מאובדן דם, הטיס את המטוס בחזרה לשדה התעופה, מרחק של שבעים מיל, ובכך השלים את חילוץ חברו לנשק
ב-10 באפריל 1917 הועלה מקנמרה לדרגת קפטן, והתמנה למפקד גף מטוסים בטייסת 4, אך לא היה כשיר יותר לטיסה בגלל הפציעה שספג ברגלו ב-20 במרץ. באוגוסט נשלח בחזרה לאוסטרליה על סיפון הבורארה, וזכה לקבלת פנים של גיבור עם הגעתו למלבורן. בבדיקה רפואית התברר כי הוא אינו כשיר יותר לשירות צבאי, וב-31 בינואר1918 הוא שוחרר מקורפוס התעופה האוסטרלי. אולם, במהלך הבהלה שנגרמה בעקבות חדירת ספינת הפשיטה הגרמנית Wolf למים הטריטוריאליים של אוסטרליה הוחזר מקנמרה לשירות, הוצב כמפקד יחידת סיור אווירית בסאות' גיפסלנד שבוויקטוריה, והטיס מטוסי F.E.B2 ופארמן MF.11. בספטמבר 1918 הוצב מקנמרה כמדריך טיסה בפוינט קוק, ושירת שם עד תום המלחמה.
בין מלחמות העולם
באפריל 1920 הועבר מקנמרה לכוחות האוויר האוסטרליים באפריל 1920, וזאת בעקבות פירוק קורפוס התעופה האוסטרלי. הוא קיבל את צלב ויקטוריה באופן אישי מידי הנסיך מוויילס, בטקס שנערך ב-26 במאי בבית הממשלה שבמלבורן. ב-1921 התגייס מקנמרה לחיל האוויר המלכותי האוסטרלי שזה עתה הוקם. הוא קיבל דרגת קצין טיסה ודרגת כבוד של לוטננט טיסה, ונמנה עם 21 הקצינים הראשונים של חיל האוויר עם הקמתו באותו מרץ. בתחילה הוא הוצב במטה החיל במלבורן בתפקיד קצין מטה מבצעים ומודיעין, וביולי 1922 קיבל את הפיקוד על בית הספר להדרכת טיסה מספר 1 בפוינט קוק. הוא קודם לדרגת מפקד טייסת במרץ 1924, ובחודש שלאחר מכן נישא לבלגית אלן בלונטשלי, אותה פגש בקהיר במהלך המלחמה, בקתדרלת פטריק הקדוש; השושבין שלו היה עמיתו הקצין פרנק לוקיס.
ב-1935 עבר מקנמרה לאנגליה, ובמשך שנתיים שירת בבית הספר להדרכת טיסה מספר 5 של חיל האוויר המלכותי בבסיס סילנד ובמנהלת האימונים שבמיניסטריון האווירייה בלונדון, במסגרת חילופי קצינים. ב-1928 חזר מקנמרה ללימודיו באוניברסיטת מלבורן, לאחר שקודם לכן נכשל בבחינות הכניסה למכללה של חיל האוויר המלכותי באנדובר שבהמפשייר. הוא היה סטודנט באופן חלקי, וב-1933 סיים בהצלחה תואר ראשון ביחסים בינלאומיים. באוקטובר 1930 מונה מקנמרה למפקד בית הספר לטיסה מספר 1, ובשנה שלאחר מכן קודם לדרגת מפקד כנף. בפברואר 1933 מונה למפקד בסיס חיל האוויר המלכותי האוסטרלי לברטון שבוויקטוריה. ב-1936 קודם לדרגת מפקד להק, ובשנה שלאחר מכן למד במכללה המלכותית ללימודי הגנה בלונדון. במסגרת תוארי השנה החדשה של 1938 הוענק לו תואר מפקד במסדר האימפריה הבריטית.
מלחמת העולם השנייה ושלהי חייו
בין ינואר 1938 לספטמבר 1939, עת נפתחה מלחמת העולם השנייה, שירת מקנמרה כקצין קישור בבית אוסטרליה שבלונדון. בדצמבר קודם לדרגת קומודור אוויר, וזמן קצר קודם לכן יעץ להקים בסיס קליטה שישמש את מפקד חיל האוויר האוסטרלי באנגליה ו"בדרך כלל יפקח על האינטרסים של אנשי הצבא האוסטרלים" המוצבים בו. אולם, בנובמבר 1940 הוא נסוג מעמדה זו, ותמך בהצעת מיניסטריון האווירייה להקים מחנה צבאי של חיל האוויר המלכותי עבור חיילי כל המדינות. ב-1 בדצמבר1941 הוקמה מפקדת חיל האוויר המלכותי האוסטרלי שמעבר לים, ומקנמרה מונה לסגנו של מרשל אווירריצ'רד ויליאמס. מקנמרה מונה לסגן-מרשל אוויר בפועל ולמחליפו של ויליאמס כשזה חזר לאוסטרליה בינואר 1942 עבור ביקור זמני; אולם, ויליאמס הוצב בוושינגטון הבירה, ומקנמרה המשיך בתפקיד זה עד סוף השנה.
בשלהי 1942 מונה מקנמרה למפקד הכוחות הבריטיים בעדן, וב-9 בינואר1943 החל לכהן באופן רשמי. התפקידים העיקריים של כוחות אלו היו מלחמה נגד צוללות וליווי שיירות. מקנמרה טס במשימות האלה לפי יכולתו, בדרך כלל כמשקיף, אך כמעט ולא בא במגע עם האויב. בתוארי השנה החדשה של 1945 הוענק לו תואר עמית במסדר האמבט, ובמרץ הוא חזר ללונדון. באותו חודש חווה טרגדיה אישית עם מותו של חברו הקרוב פיטר דראמונד, שסייע לו בהדיפת הפרשים במהלך האירוע שבגינו קיבל את צלב ויקטוריה. מטוס ה-B-24 ליברייטור של דראמונד נעלם ליד האיים האזוריים בדרכו לקנדה, וכל אנשי הצוות שלו הוכרו כהרוגים; מקנמרה היה זה שנאלץ לבשר על כך לאיזבל, אלמנתו של דראמונד. בריאותו של מקנמרה נפגעה כתוצאה מהחשיפה לאבק המדברי בעדן, והוא לא היה יכול להתחיל בכהונתו כנציג חיל האוויר המלכותי האוסטרלי במשרד ההגנה הבריטי עד ספטמבר. לאורך כל המלחמה הוא שהה מחוץ לאוסטרליה.
מקנמרה פרש מחיל האוויר המלכותי האוסטרלי ב-1946, ביחד עם מספר קצינים בכירים ובוגרי מלחמת העולם הראשונה, כשההצדקה הרשמית לכך היא פינוי מקום לטובת קצינים צעירים יותר בעלי כישורים דומים. בנוסף, תפקידו כנציג אוסטרלי צומצם במידה רבה[9]. הוא שוחרר מחיל האוויר ב-11 ביולי. במאי 1946 הציעה לו ממשלת בריטניה לכהן כקצין בקרת חינוך בכיר בווסטפאליה שבגרמניה, תחת חסותה של המועצה לפיקוח של בעלות הברית, ומאוחר יותר הוא התמנה לסגן מנהל החינוך באזור הכיבוש הבריטי. הוא חזר להתגורר באנגליה לאחר שהשלים את עבודתו עם המועצה באוקטובר 1947, ועד 1959 היה חבר במועצת הפחם הלאומית. ב-2 בנובמבר1961 נפל ומת בביתו שבבקינגהאמשייר כתוצאה ממחלת יתר לחץ דם שפגעה בלבו. הוא הותיר אחריו אישה ושני ילדים, ונקבר בלוויה גדולה במנזר סנט ג'וזף שבעיירה ג'רארדס קרוס[10].
מקנמרה היה ממורמר בגלל אופן שחרורו מחיל האוויר האוסטרלי ומפיצויי הפיטורים שקיבל מממשלת אוסטרליה, והתעקש כי צלב ויקטוריה שניתן לו לא יוחזר לאוסטרליה לאחר מותו; במקום זאת החליטה המשפחה לתרום את העיטור למוזיאון חיל האוויר המלכותי שבלונדון. אדריאן קול, ששירת עם מקנמרה בטייסת 1, תיאר את מקנמרה כ"שקט, מלומד, נאמן ואהוב על ידי כולם... הקצין האחרון שהיה צפוי כי יקבל את העיטור הגבוה הזה"[11]. הוא היה אחד ממקבלי צלב ויקטוריה שמונו לתפקידים בכירים לאחר מכן, אם כי היסטוריון חיל האוויר האוסטרלי אלן סטיבנס טען כי המינויים היו שגרתיים, וכי אירועי 1917 הקנו לו תהילה שככל הנראה הייתה נטל מבחינתו[3]. הביוגרף כריס קולטהארד-קלארק תיאר את ה"דילמה" של מקנמרה ככזו של "אדם רגיל לחלוטין" שנזרק לאור הזרקורים על ידי "אירוע יוצא דופן במידה רבה מאוד"[12].
Chisholm, Alec H. (ed.) (1947). Who's Who in Australia 1947 (Pages 567 - 568). Melbourne: The Herald and Weekly Times
Macklin, Robert (2008). Bravest: How Some of Australia's Greatest War Heroes Won Their Medals (Pages 84 – 99). Crows Nest, NSW: Allen & Unwin. ISBN 1741148820
Stephens, Alan; Isaacs, Jeff (1996). High Fliers: Leaders of the Royal Australian Air Force (Pages 20 – 22). Canberra: Aust. Govt. Pub. Service. ISBN 0644456825
Coulthard-Clark, Chris (1997). McNamara VC: A Hero's Dilemma. Canberra: Air Power Studies Centre. ISBN 0642265003
Stephens, Alan (2006) [2001]. The Royal Australian Air Force: A History. London: Oxford University Press. ISBN 0195555414
Wilson, David (2005). The Brotherhood of Airmen. Crows Nest, NSW: Allen & Unwin. ISBN 1741143330