פארדו החל את קריירת המשחק ב-1993, במדי קבוצת אטלס. הוא השתלב במהרה בקישור הקבוצה, ובאותה תקופה זכה לכינוי "אל בבה" (בספרדית: "El Bebé", התינוק). בזכות היכולת הגבוהה שהפגין במשך חמש שנים בקבוצה, הוא זכור כאחד מהשחקנים הטובים ביותר שיצאו ממחלקת הנוער של המועדון.
לקראת טורניר החורף (אינביירנו) של שנת 1998 עבר פארדו לאסטודיאנטס טקוס, אך לאחר שנה בלבד ושני טורנירים במדי הקבוצה, עבר פארדו לקראת טורניר החורף של שנת 1999 לקבוצת הפאר המקסיקנית קלוב אמריקה. פארדו שיחק במדי הקבוצה במשך שבע שנים ו-14 טורנירי ליגה בסך הכול, ובכולם היה לשחקן הרכב משמעותי. את תואר אליפות מקסיקו הראשון בקריירה השיג פארדו עם קלוב אמריקה בטורניר הקיץ (וראנו) של שנת 2002. הקבוצה פגשה בגמר כפול את נקקסה, והפסידה במשחק הראשון בבית בתוצאה 2-0. במשחק הגומלין בחוץ החזירה אמריקה עם ניצחון 2-0 ושלחה את המשחק להארכה, בה כבשה פעם נוספת וזכתה בתואר האליפות.
שלוש שנים אחר כך, בטורניר הקלאוסורה של שנת 2005, זכה פארדו עם קבוצתו באליפות נוספת. הוא פתח בהרכב הקבוצה לצמד משחקי הגמר מול קבוצתו הקודמת, אסטודיאנטס טקוס. לאחר שוויון 1-1 בחוץ, ניצחה אמריקה 6-3 בגומלין הביתי וזכתה בתואר. בעונת 2005/2006 היה שותף פארדו לזכייתה של הקבוצה בגביע CONCACAF לאלופות. אמריקה פגשה לגמר כפול את דפורטיבו טולוקה בת ארצה. לאחר שוויון 0-0 במשחק הראשון בחוץ, אירחה קלוב אמריקה את הגומלין שהסתיים אף הוא בשוויון 0-0. שלוש דקות בתוך ההארכה נקלעה אמריקה לפיגור 1-0, אך הצליחה להפוך את התוצאה חמש דקות לסיום ההארכה ולנצח 2-1, שהעניק לה זכייה דרמטית בתואר.
הזכייה בטורניר גביע האלופות, וההשתתפות עם נבחרת מקסיקו בטורנירי גביע הקונפדרציות 2005 ומונדיאל 2006 - שניהם על אדמת גרמניה, הביאו להתעניינות גוברת בפארדו מצד קבוצות בכירות באמריקה הדרומית ובאירופה. לאחר התעניינות מצדן של ריבר פלייט הארגנטינאית ורקראטיבו ולבה הספרדית, הצטרף פארדו לשטוטגרט הגרמנית של המאמן ארמין פה. באותו הקיץ הצטרף לקבוצה גם חברו לנבחרת, ריקרדו אוסוריו. פארדו היה מעמודי התווך של הקבוצה בעונתו הראשונה בבונדסליגה. הוא רשם 33 הופעות ליגה (החמיץ משחק אחד בלבד), והיה חלק חשוב בזכייתה של הקבוצה באליפות גרמניה, בפער שתי נקודות משאלקה 04. במחזור הרביעי של אותה עונה, ב-16 בספטמבר 2006 מול ורדר ברמן, כבש פארדו את השער שהפך אותו למקסיקני הראשון שכובש שער בתולדות הבונדסליגה. בסיום העונה נבחר במקום החמישי ברשימת שחקני העונה המצטיינים.
פארדו שמר על מקומו בהרכב גם בעונה השנייה בקבוצה, שהייתה מוצלחת פחות והסתיימה רק במקום השישי. ההידרדרות ביכולתה של הקבוצה נמשכה אל תוך פתיחת עונת 2008/2009, והביאה לפיטוריו של פה בחודש נובמבר של אותה עונה, ובקידומו של העוזר מרקוס באבל לתפקיד המאמן, כשהקבוצה במקום ה-11. על אף ששיחק באופן קבוע במסגרת האירופית, פארדו מיעט לקבל דקות משחק בליגה ועזב את הקבוצה בחלון ההעברות של החורף.
לאחר שנתיים וחצי בגרמניה, חזר פארדו לקבוצתו הקודמת, קלוב אמריקה, תמורת סכום של כ-600 אלף דולר. כפי שהיה לפני שעזב, גם בחזרתו היה פארדו לשחקן משמעותי בהרכב הקבוצה. הוא שיחק במדיה שנתיים וחצי נוספות, והשתתף בחמישה טורנירי ליגה אך לא הצליח לזכות עם הקבוצה בתארים נוספים.
בחודש יולי 2011 הודיע פארדו על עזיבתו לטובת ה-MLS האמריקאית, ולצורך מעברו אפשרה לו הקבוצה לבטל את חוזהו ולהשתחרר מהקבוצה. ב-26 ביולי הודיע על חתימתו בהעברה חופשית בקבוצת שיקגו פייר. ב-19 בינואר 2013, לאחר שנה וחצי בקבוצה, הודיע פארדו על פרישה ממשחק פעיל בגיל 37.
פארדו זומן על ידי מאמן הנבחרת מנואל לפואנטה לסגל מקסיקו לקראת מונדיאל 1998 בצרפת. פארדו פתח בהרכב בשני משחקיה הראשונים של מקסיקו בטורניר. במשחק הראשון גברה מקסיקו 3-1 על קוריאה הדרומית, ובמשחק השני פגשה את בלגיה. בדקה ה-28, בעקבות תיקול מאוחר על ויטאל בורקלמאנס, הורחק פארדו בכרטיס אדום ישיר. בהמשך המשחק, שהסתיים בשוויון 2-2, הורחק גם גרט ורהיין הבלגי, מה שגרר ביקורות על שופט המשחק, יו דאלאס הסקוטי. פארדו נאלץ לצפות מהצד בנבחרתו מסיימת בשוויון 2-2 גם מול הולנד. פארדו שב להרכב בשמינית הגמר מול גרמניה, במשחק בו נבחרתו איבדה יתרון 1-0 ברבע השעה האחרונה, נוצחה 2-1 והודחה מהטורניר.
שנה לאחר מכן רשמה מקסיקו שני טורנירים מוצלחים. היא סיימה במקום השלישי את טורניר קופה אמריקה 1999, וזמן קצר אחר כך אירחה את גביע הקונפדרציות 1999. במשחקה השני של מקסיקו בטורניר, מול מצרים, כבש פארדו לאחר רבע שעה את שער הבכורה שלו בנבחרת, והעלה אותה ליתרון ראשון במשחק בדרך לשוויון 2-2 בסיום. בגמר הטורניר, בו פתח פארדו בהרכב, גברה מקסיקו על ברזיל 4-3 וזכתה לראשונה בתולדותיה בתואר.
לאחר שהשיגה רצף תוצאות חלש מאוד תחת המאמן אנריקה מסה בבית הגמר של מוקדמות מונדיאל 2002, הגיע לנבחרת המאמן חבייר אגירה. הגעתו של המאמן החדש סימנה הפסקה בדרכו הבינלאומית של פארדו. הוא לא רשם ולו הופעה אחת במשך קרוב לשנתיים, והחמיץ את טורנירי קופה אמריקה 2001, בו הגיעה מקסיקו לגמר, גביע הזהב 2002, וכן את הטורניר החשוב ביותר, מונדיאל 2002, אליו הצליחה לבסוף מקסיקו להעפיל.
לה וולפה זימן את פארדו לטורניר המונדיאל השני שלו, מונדיאל 2006 בגרמניה. פארדו פתח בהרכב הנבחרת בכל משחקיה בטורניר. הוא שיחק לאורך כל שלב הבתים, ממנו העפילה מקסיקו מהמקום השני, ופתח בהרכב בשמינית הגמר מול ארגנטינה אך הוחלף כבר לאחר 38 דקות בדרך להפסד נבחרתו 2-1 בהארכה.
הטורניר האחרון של פארדו בנבחרת היה גביע הזהב 2007, תחת המאמן הוגו סאנצ'ס, בו סיימה הנבחרת במקום השני לאחר הפסד 2-1 בגמר לארצות הברית. לקראת סיום הטורניר הודיע פארדו, יחד עם חברו לשטוטגרט באותה התקופה ריקרדו אוסוריו, כי לא ייטול חלק במשחקיה של מקסיקו בקופה אמריקה 2007, עקב עייפות פיזית ומנטלית. המהלך התקבל בביקורת רבה במקסיקו, ופארדו נענש על ידי סאנצ'ס בכך שלא זומן יותר לנבחרת באותה השנה.
פארדו חזר לנבחרת בתחילת 2008, ונטל חלק במוקדמות מונדיאל 2010, תחת המאמן סוון-יוראן אריקסון. מקסיקו התקשתה לתפקד תחת השוודי, ובאפריל 2009 חזר לנבחרת המאמן חבייר אגירה, שהשבית בקדנציה הקודמת שלו את פארדו מכדורגל בינלאומי. חזרתו של אגירה סימנה את סיום דרכו הבינלאומית של פארדו, ומשחק הבכורה של אגירה, בהפסד 2-1 לאל סלבדור ב-6 ביוני 2009 במסגרת מוקדמות המונדיאל, היה משחקו האחרון של פארדו בשורות הנבחרת.
בסך הכול ערך פארדו 148 הופעות בינלאומיות בהן כבש 11 שערים. הוא ממוקם שני בטבלת ההופעות בנבחרת בכל הזמנים.
