את קריירת האימון החל מילוטינוביץ' בקבוצת אוניברסידד נסיונל המקסיקנית, שהיא גם קבוצותו האחרונה בקריירה כשחקן מקצועי. בין הקבוצות בהן שיחק, נמנות פרטיזן בלגרד, מונקו וניס.
מילוטינוביץ' הוא המאמן היחידי בהיסטוריה שאימן 5 נבחרות שונות במונדיאל: מקסיקו (1986), קוסטה ריקה (1990), ארצות הברית (1994), ניגריה (1998) וסין (2002). כמו כן, הוא היחיד שהצליח להעלות 4 נבחרות שונות מעבר לסיבוב הראשון של המונדיאל. הנבחרת היחידה עמה כשל במשימה זו היא סין, ב-2002.
בעקבות הצלחתו הרבה, זכה לכינוי "קוסם" (Miracle Worker), כינוי שהוענק לו לראשונה על ידי נשיא ההתאחדות לכדורגל של ארצות הברית. ב-2009 אימן מילוטינוביץ' את עיראק, והעלה אותה לגביע הקונפדרציות.
מילוטינוביץ' הוא בן למשפחת כדורגלנים מוכרת בסרביה. בורה ושני אחיו: מילוס ומילורד, שיחקו יחדיו
בפרטיזן בלגרד. כיום מתגורר במקסיקו סיטי. נשוי לאישה מקסיקנית, ובעל אזרחות מקסיקנית.