אדם בשם "יצחק מנעלין" (Isaac de Naelein) מוזכר בתעודה צלבנית מהמאה ה-12[3].
במאה ה-18 הפך הכפר לאחד מ-24 כפרי הכס שבהם ישבו מוח'תארים בארמון, או מצודה ושלטו על האזור[4]. בתקופה העות'מאנית, על פי רשימות מס נכללה במחוז רמלה ואוכלוסייתה מנתה 72 משפחות.
לפני האינתיפאדה השנייה רבים מתושבי העיירה עסקו בבנייה בתחומי ישראל, וכיום מרבית תושבי העיירה עוסקים לפרנסתם בחקלאות[10].
באפריל 2009 נחנך בעיירה מוזיאון לזכר השואה. המוזיאון הוקם בדירה בשיתוף עם "יד ושם" וכולל תמונות וערכות לימוד בערבית[11].
המאבק על גדר ההפרדה
מפגינים נגד גדר ההפרדה בנעלין, אוקטובר 2011.גדר ההפרדה בנעלין. הגרפיטי: ציטוט של מרטין לותר קינג "חופש לעולם לא ניתן על ידי המדכא, עליו להיתבע על ידי המדוכא"
באמצע 2008 החלה בניית גדר ההפרדה באזור העיירה, המפרידה ממנו כרבע מאדמותיו. בעקבות זאת החלו התושבים, תחילה לבד ומאוחר יותר בשיתוף עם ארגונים כתעאיוש ואנרכיסטים נגד הגדר, לפעול נגד הקמת החומה המפרידה בין בתי העיירה לבין האדמות שמעברה השני. הפעולות כללו הפגנות, השחתת כלי הנדסה והפרעה לעבודות בניית הגדר, הבערת צמיגים ויידוי אבנים לעבר כוחות הביטחון המאבטחים את בניית הגדר. בשנים 2008–2009 נהרגו בהפגנות 5 פלסטינים[12]; אחד ההרוגים הוא ילד בן 11 שהוגש כתב אישום על גרימת מוות ברשלנות נגד שוטר משמר הגבול האחראי, לכאורה, לירי בו[13]. כמו כן נפצעו רבים כתוצאה מהשימוש שעשו צה"ל ומשמר הגבול באמצעים לפיזור הפגנות ובאש חיה. נפצעו גם מספר חיילי צה"ל.
באחת ההפגנות, ביולי 2008, פורסם סרט המתעד ירי כדור גומי בעצור פלסטיני בעודו כפות[14]. בעקבות זאת המג"ד המעורב באירוע הועבר מתפקידו[15], והחייל היורה והמג"ד הועמדו למשפט צבאי על התנהגות לא הולמת[16]. בהוראת בג"ץ הוחמרו סעיפי האיסור נגד השניים, וביולי 2010 הם הורשעו.
כדי למנוע הפגנות אלימות הכריז צה"ל במרץ 2010 על האדמות שבין העיירה לגדר ההפרדה כשטח צבאי סגור מדי יום שישי, עד 17 באוגוסט[17].
