ביולי 2011 הורה שר הביטחון אהוד ברק ליועץ המשפטי של משרד הביטחון לפנות ליועץ המשפטי לממשלה כדי למצוא במסגרת החוק דרך להפסיק את פעילותם של אנשי ימין קיצונים שהתנכלו לאלון ולמשפחתו בגין היותו, לטענתם, איש שמאל קיצוני המושפע מאשתו, הפעילה בארגון השמאל "מחסום Watch". בארגון טענו שאשתו של אלון, מור, אינה מוכרת להם[12].
באוקטובר 2011 סיים את תפקידו כמפקד אוגדת איו"ש והוחלף בתפקיד בידי תא"ל חגי מרדכי. בטקס הפרידה אמר אלון: "כבר היום מיעוט קיצוני, שולי במניינו אך לא בהשפעתו, עלול להביא להסלמה רבתי במעשים הנקראים תג מחיר אך מגיעים לכדי טרור. מעשים אלה לא רק ראויים לגינוי על העוול והאיוולת שבהם, אלא גם למניעתם ולמעצר המבצעים באופן יותר יעיל מכפי שהצלחנו כמערכת עד כה"[13].
במרץ 2012 מונה אלון למפקד פיקוד המרכז והועלה לדרגת אלוף[14]. במהלך כהונתו התמודד הפיקוד עם עלייה במספר פיגועי הטרור ביהודה ושומרון[15][16]. אירוע מרכזי בתקופה זו היה חטיפת שלושת הנערים בעקבותיה יצא צה"ל למבצע "שובו אחים".
ביולי 2018 מונה על ידי ראש המטה הכללי, גדי איזנקוט לתפקיד "פרויקטור למאבק באיום האיראני"[17] לקראת פרישתו של אלון מצה"ל. במסגרת תפקידו ריכז את המאמצים לקטיעת התוואי הצבאי שאיראן ניסתה לבנות לעצמה בשטח סוריה. החל משנת 2017 ישראל פתחה ברצף כמעט אחת לכמה ימים של תקיפות אוויריות בסוריה. העימות הגיע לסף התלקחות במאי 2018, במבצע בית הקלפים, ואחריו ידה של ישראל הייתה על העליונה, והיא הצליחה בעזרת עליונות אווירית מעל שמי סוריה ודרך מאמצים נוספים, עיקרם מסווגים, לבלום את ההתפשטות הצבאית של איראן בסוריה עצמה. בראשית 2019 אמר האלוף אלון: "במידה רבה עצרנו את האיראנים בסוריה, בוודאי ביחס למטרות שלהם. באיראן יש ויכוחים פנימיים קשים סביב הפעולה בסוריה וקיים סדק לגבי ההתבססות בסוריה והמחיר שלה. חלק מהתכלית היא להרחיב את הסדק כדי להביא לנסיגה איראנית מסוריה[18]."
עם פרישתו של איזנקוט מתפקיד הרמטכ"ל, נתגלעו חילוקי דעות לגבי מינוי יורשו. נטען ששר הביטחון ליברמן רצה למנות את אלון לתפקיד, ואף הודיע לו כבר על המינוי, אלא שראש הממשלה נתניהו, שצידד במינויו של האלוף אייל זמיר, לא אישר את המינוי. בסופו של דבר ליברמן מינה את האלוף אביב כוכבי והתכוון למנות את אלון לסגנו, אלא שהתפטר מתפקידו כשר הביטחון קודם לכן[19]. אלון באותה העת שימש פרויקטור התיק האיראני במטכ"ל, והיה אחראי לחקירת פעולת צה"ל בח'אן יונס[20]. כעבור מספר חודשים סיים את שירותו[21]. תפקידו כאחראי על תיק איראן מוסד בידי הרמטכ"ל כוכבי בדמות אגף אסטרטגיה ומעגל שלישי, ולמפקדו הראשון מונה אלוף טל קלמן.
לאחר הפרישה מצה"ל
ב-2019 מונה למנכ"ל חברת גידולי הקנאביס "קנדוק" ופרש לאחר כחצי שנה בתפקיד[22]. במרץ 2020 מונה לתפקיד סמנכ"ל האסטרטגיה של חברת "מטריקס" ויו"ר מטריקס דיפנס – חטיבת הביטחון של החברה[23]. ביולי 2020 מונה ליו"ר מועצת בית בן-גוריון בתל אביב. באפריל 2021 מונה לדירקטור בחברת "סמארט שוטר"[24].
ב-2022 מונה על ידי הרמטכ"ל אביב כוכבי לראש הוועדה לבחינת פרשת הקצין מאמ"ן שמת בכלאו[25].
.jpg)
