עם התחתרותו של הנחל בגיר הקשה של במת השוליים המזרחיים של מדבר יהודה, משתנה הנחל מערוץ רדוד לנקיק צר ועמוק. בנקיק מספר מפלים קטנים, שביניהם גבים ענקיים, האוגרים מים רבים. נקיק זה מביא את הנחל למפל הגדול שלו - גובהו למעלה מ-100 מטרים. בתחתית המפל גומחה גדולה, שנוצרה על ידי המים ששחקו את השכבה התחתונה בקיר המפל הבנויה מסלע רך יותר. סמוך לתחתית המפל, נובע מעין עונתי. בהמשך הנחל עוד שני מפלים, גובה הגדול שבהם כ-50 מטרים. אורך הקניון כולו, עד ליציאתו מתחומי מצוק ההעתקים - כ-5 ק"מ.
יובלו החשוב של נחל חבר הוא נחל חולד. שמו של הנחל נגזר משמה של העיר חברון שהשתמר בשם הערבי "ואדי חברה". שם נוסף של הנחל הוא "ואדי אלחייאת" - נחל הנחשים.
ארכאולוגיה
במצוקי נחל חבר נמצאו ממצאים ארכאלוגיים חשובים, בשתי מערות: מערת האימה הנמצאת במצוק הדרומי של הנחל, ומערת האיגרות הנמצאת במצוק הצפוני. מעל שתי המערות נתגלו מחנות מצור רומיים. במערות עצמן נמצאו מסמכים וחפצים מתקופת מרד בר כוכבא, ושלדי אדם רבים - מאנשי בר כוכבא ומשפחותיהם. במערת האיגרות נמצא ארכיון מכתבים מסודר של אשה בשם בבתא בת שמעון, וכן נמצאו אגרות רבות שכתב שמעון בר כוסבא (בר כוכבא) לפרנסי עין גדי מטעמו - יהונתן בן בעיה ומסבלה בן שמעון.
עצמות האנשים שנמצאו במערות נקברו בשנת 1982 על שפתו הצפונית של אפיק הנחל בטקס צבאי מלא ביוזמתו של הרב גורן.